spark:执行器内存超出物理限制

hjzp0vay  于 2021-05-27  发布在  Spark
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我的输入数据集大约是150g。我正在设置

--conf spark.cores.max=100 
--conf spark.executor.instances=20 
--conf spark.executor.memory=8G 
--conf spark.executor.cores=5 
--conf spark.driver.memory=4G

但由于数据并不是均匀地分布在执行者之间,所以我一直

Container killed by YARN for exceeding memory limits. 9.0 GB of 9 GB physical memory used

以下是我的问题:

1. Did I not set up enough memory in the first place? I think 20 * 8G > 150G, but it's hard to make perfect distribution, so some executors will suffer
2. I think about repartition the input dataFrame, so how can I determine how many partition to set? the higher the better, or?
3. The error says "9 GB physical memory used", but i only set 8G to executor memory, where does the extra 1G come from?

谢谢您!

vaqhlq81

vaqhlq811#

9gb由8gb的执行器内存组成,您可以将其作为参数添加, spark.yarn.executor.memoryOverhead 设置为 .1 ,因此容器的总内存为 spark.yarn.executor.memoryOverhead + (spark.yarn.executor.memoryOverhead * spark.yarn.executor.memoryOverhead) 哪个是 8GB + (.1 * 8GB) ≈ 9GB .
您可以使用一个执行器来运行整个流程,但这需要很长时间。要理解这一点,您需要了解分区和任务的概念。分区数由您的输入和操作定义。例如,如果您从hdfs读取一个150gbcsv,而hdfs块大小为128mb,那么您将得到 150 * 1024 / 128 = 1200 分区,直接Map到spark ui中的1200个任务。
每一项任务都将由执行者来执行。你不需要在内存中保存所有的150gb。例如,当您只有一个执行器时,您显然不会受益于spark的并行功能,但它只会从第一个任务开始,处理数据,并将其保存回dfs,然后开始处理下一个任务。
您应该检查的内容:
输入分区有多大?输入文件是可拆分的吗?如果单个执行器必须加载大量内存,那么它肯定会耗尽内存。
你在做什么动作?例如,如果使用非常低的基数进行连接,则会得到大量的分区,因为所有具有特定值的行都会在相同的分区中结束。
执行非常昂贵或低效的操作?任何笛卡尔积等。
希望这有帮助。快乐Spark!

fd3cxomn

fd3cxomn2#

在使用Yarn时,还有另一个设置,用于计算为执行者发出Yarn容器请求的大小:

spark.yarn.executor.memoryOverhead

它默认为0.1*执行器内存设置。它定义了除了指定的执行器内存之外,还需要多少额外的开销内存。先尝试增加这个数字。
另外,一个Yarn容器不会给你一个任意大小的内存。它将只返回分配了内存大小为其最小分配大小倍数的容器,该最小分配大小由以下设置控制:

yarn.scheduler.minimum-allocation-mb

将其设置为一个较小的数字将降低您“超出”所需金额的风险。
我还通常将follow键设置为大于所需容器大小的值,以确保spark请求控制我的执行器有多大,而不是对它们进行踩踏。这是Yarn将发出的最大容器尺寸。

nodemanager.resource.memory-mb

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