tool抱怨使用辉光管变压器时不存在contig

k75qkfdt  于 2021-05-29  发布在  Spark
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我从软件中得到的错误是,contig chr1在头文件中不存在。有人知道为什么推断功能可能不是推断接触吗?

o7jaxewo

o7jaxewo1#

从版本0.4.1开始,glow只能推断 FORMAT 以及 INFO 变量Dataframe的标题行。
但是,您可以告诉glow在调用命令行工具时使用来自输入vcf的头。
例子:

import glow
vcf_path = "<path>"
df = spark.read.format("vcf").load(vcf_path)
glow.transform(
    "pipe",
    df,
    cmd=["tool"],
    input_formatter="vcf",
    in_vcf_header=vcf_path,
    output_formatter="vcf"
)

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