我从软件中得到的错误是，contig chr1在头文件中不存在。有人知道为什么推断功能可能不是推断接触吗？
o7jaxewo1#
从版本0.4.1开始，glow只能推断 FORMAT 以及 INFO 变量Dataframe的标题行。但是，您可以告诉glow在调用命令行工具时使用来自输入vcf的头。例子：
FORMAT
INFO
import glowvcf_path = "<path>"df = spark.read.format("vcf").load(vcf_path)glow.transform( "pipe", df, cmd=["tool"], input_formatter="vcf", in_vcf_header=vcf_path, output_formatter="vcf")
import glow
vcf_path = "<path>"
df = spark.read.format("vcf").load(vcf_path)
glow.transform(
"pipe",
df,
cmd=["tool"],
input_formatter="vcf",
in_vcf_header=vcf_path,
output_formatter="vcf"
)
1条答案
按热度按时间o7jaxewo1#
从版本0.4.1开始，glow只能推断
FORMAT以及INFO变量Dataframe的标题行。但是，您可以告诉glow在调用命令行工具时使用来自输入vcf的头。
例子：