我从软件中得到的错误是,contig chr1在头文件中不存在。有人知道为什么推断功能可能不是推断接触吗?
o7jaxewo1#
从版本0.4.1开始,glow只能推断 FORMAT 以及 INFO 变量Dataframe的标题行。但是,您可以告诉glow在调用命令行工具时使用来自输入vcf的头。例子:
FORMAT
INFO
import glow vcf_path = "<path>" df = spark.read.format("vcf").load(vcf_path) glow.transform( "pipe", df, cmd=["tool"], input_formatter="vcf", in_vcf_header=vcf_path, output_formatter="vcf" )
1条答案
按热度按时间o7jaxewo1#
从版本0.4.1开始,glow只能推断
FORMAT
以及INFO
变量Dataframe的标题行。但是,您可以告诉glow在调用命令行工具时使用来自输入vcf的头。
例子: