这种不那么奇怪的行为背后的神奇词汇是歪斜。这是一个非常普遍的问题。通常人们喜欢忽略问题。。。直到他们真正感受到痛苦（就像你现在所做的那样）。
使用tez，由于hive-7158在hive中使用了tez自动并行，因此您可以尝试修补一些特定属性：

hive.tez.auto.reducer.parallelism
hive.tez.max.partition.factor
hive.tez.min.partition.factor

但是，当您有几个异常小的reduce数据集可以合并时，“自动并行”功能似乎适用，而您的问题恰恰相反（一个异常大的reduce数据集）。所以你也应该尝试修补

hive.exec.reducers.bytes.per.reducer
hive.exec.reducers.max

…改变尺度，使“大”成为新的“正常”（因此“正常”变成“小”）。不过，也许你会得到3个减速机都需要1个小时才能完成。很难说。
祝你好运。这种性能调整与其说是科学，不如说是艺术。
参考文献：
https://cwiki.apache.org/confluence/display/hive/configuration+properties#configurationproperties-配置单元.tez.auto.reducer.parallelism
https://www.mail-archive.com/user@tez.apache.org/msg00641.html
http://fr.slideshare.net/t3rmin4t0r/hivetez-a-performance-deep-dive/25
http://fr.slideshare.net/hortonworks/discoverhdp22faster-sql-queries-with-hive/28

ps：当然，如果你能通过改变你组织输入数据集的方式来消除偏差的来源。。。