我把错误修好了。我以为是hadoop的问题，我错了。这是java版本的问题。我们还升级了java版本和hadoop。Java7和Java8的arrays.sort（）方法在要排序的元素数超过32个时使用timsort。tim-sort在比较中强制了严格的传递性。
如果（（比较（x，y）>0）&（（比较（y，z）>0）），则比较（x，z）应大于0。否则将抛出“java.lang.illegalargumentexception:comparison方法违反其常规约定”错误。
您应该将compare方法更改为与transitive属性一致，或者通过将“map task java opts base”或“reduce task java opts base”的“java.util.arrays.uselegacymergesort”设置为true来使用旧版本的sort，然后它应该应用于为map或reduce启动的所有jvm。
对于2.6.0-cdh5.4.2 haddop，可以通过添加
-d mapreduce.map.java.opts=“-djava.util.arrays.uselegacymergesort=true”
-d mapreduce.reduce.java.opts=“-djava.util.arrays.uselegacymergesort=true”
或通过代码
job.getconfiguration（）.set（“mapreduce.map.java.opts”，“-djava.util.arrays.uselegacymergesort=true”）；
job.getconfiguration（）.set（“mapreduce.reduce.java.opts”，“-djava.util.arrays.uselegacymergesort=true”）；

通过在JVM7或更高版本上运行test.java代码中的main方法，可以重现此错误。总结此代码的作用。此代码尝试使用不包含传递属性的compare方法对40个人对象进行排序
//个人.java
公共阶层人士{

public String name;
public int age ;
public int salary;

@Override
public int compareTo(Person o) {
    if(o instanceof Person){
        int ret=0;
        if(age == 25 && ((Person)o).age ==27) ret = 1;
        else if(age == 27 && ((Person)o).age ==29) ret = 1;
        else if(age == 25 && ((Person)o).age ==29) ret = -1;
        else{
                if( age < ((Person)o).age) ret = -1;
                if(age > ((Person)o).age) ret = 1;
                if(salary < ((Person)o).salary) ret = -1;
                if(salary > ((Person)o).salary) ret = 1;           
        }
        return ret; 

    }
    return 0;
}

@Override
public String toString(){
 return "name="+name+":age="+age+";";     
}

}
//测试.java
导入java.util.arrays；
公开课考试{

public static void main(String args[]) {
    Test t = new Test();
    t.sortPersons(args);        
}

public void sortPersons(String args[]) {        

    Person p1 = new Person();
    p1.age = 25;
    p1.name = "ABC";

    Person p2 = new Person();
    p2.age = 29;
    p2.name = "ABZ";

    Person p3 = new Person();
    p3.age = 27;
    p3.name = "AZ";

    Person p4 = new Person();
    p4.age = 27;
    p4.name = "AZ";

    Person p5 = new Person();
    //p5.age = 22;
    //p5.name="ZZ";

    Person[] p = new Person[40];

    p[0] = p2;
    p[1] = p3;
    p[2] = p4;
    p[3] = p1;
    p[4] = p5;
    for (int i = 1; i < 8; i++) {
        p[i * 5] = p[0];
        p[i * 5 + 1] = p[1];
        p[i * 5 + 2] = p[2];
        p[i * 5 + 3] = p[3];
        p[i * 5 + 4] = p[4];
    }

    System.out.println("\nSortingInput\n");           
    Arrays.sort(p);       
    System.out.println("\nSorting complete\n");
}

}

真正的问题是你的 OvelapSizeComparator [sic]有缺陷。如果两个物体 overlap_size 如果值相等，则返回 -1 它应该什么时候回来 0 . 如果它们不相等，则返回一个符号不正确的值。
要解决此问题，请替换以下内容：

if ((int)(obj1.overlap_size - obj2.overlap_size) >= 0) {
   return -1;
} else {
   return 1;
}

…用这个：

return obj1.overlap_size - obj2.overlap_size;