自3年多前（2014年4月21日）发布的hive 0.13以来，不支持带有不相关子查询的where子句。

select * from A where id not in (select id from B where id is not null);

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| id |  name  |
+----+--------+
|  3 | George |
+----+--------+

在早期版本中，外部表的列应使用表名/别名限定。

hive> select * from A where id not in (select id from B where id is not null);
FAILED: SemanticException [Error 10249]: Line 1:22 Unsupported SubQuery Expression 'id': Correlating expression cannot contain unqualified column references.

hive> select * from A where A.id not in (select id from B where id is not null);
OK
3   George

附笔
在使用not in时你应该加上 is not null 除非您100%确定相关列不包含空值，否则将返回内部查询。
一个空值足以导致查询不返回任何结果。