我知道这个问题有点老了，但是table有多大？如果它们都能放入内存，您可以使用hbastorage将它们加载到pig中，然后使用pig的内置diff函数来比较生成的包。
根据文档，即使对于不适合内存的大型表，这种方法也能起作用，但是速度会非常慢。

我不知道任何现成的东西，但你可以写一个多表Map/减少。
Map程序只会从每个表中发出键（一个值是所有hbase键值加上一个表名），reducer可以确保每个键有2条记录并比较键值。当只有一个键时，它可以看到哪个表不同步

dataset1 = LOAD '/path/to/dataset1' USING PigStorage('<your delimiter>') AS (a:chararray, b:chararray, c:chararray, d:chararray);
dataset2 = LOAD '/path/to/dataset2' USING PigStorage('<your delimiter>') AS (a:chararray, b:chararray, c:chararray, d:chararray);

dataset3 = COGROUP dataset1 BY (a, b,c, d), dataset2 BY (a, b, c, d);

dataset4 = FOREACH dataset3 GENERATE DIFF(dataset1,dataset2);