在设置作业时，应该能够使用tableoutputformat，而不是使用fileoutputformat。
http://hbase.apache.org/apidocs/org/apache/hadoop/hbase/mapreduce/tableoutputformat.html
你还得修改一下你的减速机。
引用上一页：
转换map/reduce输出并将其写入hbase表。当输出值必须是put或delete示例时，将忽略该键。

有一种方法：

public static class MyMapper extends TableMapper<ImmutableBytesWritable, Put>  {

public void map(ImmutableBytesWritable row, Result value, Context context) throws IOException, InterruptedException {
    // this example is just copying the data from the source table...
    context.write(row, resultToPut(row,value));
}

private static Put resultToPut(ImmutableBytesWritable key, Result result) throws IOException {
    Put put = new Put(key.get());
    for (KeyValue kv : result.raw()) {
        put.add(kv);
     }
    return put;
   }
}

您可以在这里阅读有关表Map器的内容