你能试试这个吗：
hadoop jar capital.jar/user/cloudera/capital/input/user/cloudera/capital/output
这应该读取单个输入目录中的所有文件。

这里发生的事情是，类名被认为是第一个参数！
默认情况下，第一个non-option参数是要调用的类的名称。应使用完全限定的类名。如果指定了-jar选项，则第一个non-option参数是包含应用程序的类和资源文件的jar存档的名称，启动类由主类清单头指示。
所以我建议您在jar中添加一个清单文件，在其中指定main类。manifest.mf文件可能如下所示：

Manifest-Version: 1.0
Main-Class: org.myorg.Capital

现在你的命令看起来像：

hadoop jar capital.jar /user/cloudera/capital/input/City.dat /user/cloudera/capital/input/Country.dat /user/cloudera/capital/output

当然，您可以只更改代码中使用的索引值，但这不是明智的解决方案。

根据stacktrace，输出目录不是空的。因此，最简单的方法实际上是在运行作业之前删除它：

bin/hadoop fs -rmr /user/cloudera/capital/output

除此之外，您的参数以主类的类名开始 org.myorg.Capital . 这就是关于第0个索引的论点(基于stacktrace和您提供的代码）。
基本上，你需要把所有的索引移到右边：

Path cityInputPath = new Path(args[1]);
Path countryInputPath = new Path(args[2]);
Path outputPath = new Path(args[3]);
MultipleInputs.addInputPath(job, countryInputPath, TextInputFormat.class, JoinCountryMapper.class);
MultipleInputs.addInputPath(job, cityInputPath, TextInputFormat.class, JoinCityMapper.class);
FileOutputFormat.setOutputPath(job, outputPath);

别忘了清除输出文件夹！
还有一个小提示，您可以用逗号“，”分隔文件，这样您就可以通过如下单个调用来设置它们：

hadoop jar capital.jar org.myorg.Capital /user/cloudera/capital/input/City.dat,/user/cloudera/capital/input/Country.dat

在java代码中：

FileInputFormat.addInputPaths(job, args[1]);