这是由于底层的文件系统和硬件造成的。
除了每个文件的内容之外，每个文件都有开销，例如mft for ntfs（在windows上）。因此，对于单个大文件，文件系统可以减少簿记，因此速度更快。
按照操作系统的安排，单个大文件可能会被写入硬盘的连续扇区，但多个小文件可能会被写入，也可能不会被写入。因此，由此增加的寻道时间可能是许多小文件读取时间增加的原因。
操作系统的效率也可能起到很大的作用。例如，它是否预取文件内容，如何使用缓冲区等。对于许多小文件，操作系统更难有效地使用缓冲区（并处理其他问题）。（在不同的情况下，它的行为可能不同。）
编辑：对于您提到的复制过程，通常您的操作系统会按照以下步骤进行：
从磁盘读取数据->将数据写入缓冲区->从缓冲区读取->写入（可能是另一个）磁盘
这通常是在多个线程中完成的。当处理许多小文件时，操作系统可能无法有效地协调这些线程（有些线程非常忙，而另一些线程则必须等待）。对于单个大文件，操作系统不必处理这些问题。

每个文件系统都定义了一个最小的单元（不可共享）来存储名为page的数据。例如，在文件系统中，页面大小为4kb。现在，如果您保存一个8KB的大文件，它将消耗磁盘上的2页。但如果将文件分成4个文件，每个文件大小为2kb，则会占用磁盘上4个半满页，占用16kb的磁盘空间。
类似地，如果您将文件分成8个小文件，每个文件大小为1kb，那么它将消耗磁盘中的8个页面，尽管部分已满，并且您的32kb磁盘空间已被消耗。
阅读开销也是如此。如果你的文件有好几页，那么可能会分散。这将导致seektime/访问时间的高开销。