我目前没有mysql数据库可供测试，但您是否尝试过在from子句之前指定要删除的内容？例如：

DELETE p, pa FROM `pets` p,
        `pets_activities` pa
  WHERE p.`order` > :order
    AND p.`pet_id` = :pet_id
    AND pa.`id` = p.`pet_id`

我认为您使用的语法仅限于较新版本的mysql。

因为这似乎是一个简单的父/子关系 pets 以及 pets_activities ，最好使用删除级联创建外键约束。
那样的话，当 pets 行被删除，则 pets_activities 与之关联的行也会自动删除。
然后，您的查询变得简单：

delete from `pets`
    where `order` > :order
      and `pet_id` = :pet_id

我发现这篇文章向您展示了如何使用mysql delete join语句从多个表中删除数据，并给出了很好的解释。

语法在我看来是正确的。。。试着把它改成 INNER JOIN ...
看看这个。

用这个

DELETE FROM `articles`, `comments` 
USING `articles`,`comments` 
WHERE `comments`.`article_id` = `articles`.`id` AND `articles`.`id` = 4

或者

DELETE `articles`, `comments` 
FROM `articles`, `comments` 
WHERE `comments`.`article_id` = `articles`.`id` AND `articles`.`id` = 4

使用 JOIN 在 DELETE 声明。

DELETE p, pa
      FROM pets p
      JOIN pets_activities pa ON pa.id = p.pet_id
     WHERE p.order > :order
       AND p.pet_id = :pet_id

或者你可以使用。。。

DELETE pa
      FROM pets_activities pa
      JOIN pets p ON pa.id = p.pet_id
 WHERE p.order > :order
   AND p.pet_id = :pet_id

…仅从中删除 pets_activities 看看这个。
对于单表删除，但具有引用完整性的情况下，还有其他处理方法 EXISTS , NOT EXISTS , IN , NOT IN 等等，但在上面的一个表中，您可以在 FROM 从句可以让你更容易地摆脱一些相当棘手的问题。我倾向于接触一个 EXISTS 在99%的情况下，还有1%的情况下，这种mysql语法需要一天的时间。

对2017年读到这篇文章的人来说，我就是这样做的。

DELETE pets, pets_activities FROM pets inner join pets_activities
on pets_activities.id = pets.id WHERE pets.`order` > :order AND 
pets.`pet_id` = :pet_id

通常，要从多个表中删除行，下面给出了我遵循的语法。该解决方案基于两个表之间存在某种关系的假设。

DELETE table1, table2 FROM table1 inner join table2 on table2.id = table1.id
WHERE [conditions]