从问题本身开始：我的服务器随机出现页面停止加载几分钟（通常达到300秒超时）或加载速度非常慢的问题。它不一定与流量的增加相关，但在流量增加时更可能发生。有时我只是在胡闹，事情会变慢几分钟，然后一切都恢复正常，相同的文件被访问。系统本身非常简单：除了基本数据插入和读取之外，它什么也不做，没有一个表的行数超过几千行。谷歌分析显示，在高峰时间，并发访问的峰值大约为每小时300次。
这是我们公司最近来的一个老项目。php代码非常古老，我花了很多时间重构查询，以使用集中式pdo连接，而不是每次使用mysql\u connect。但是，在旧服务器上，这些问题并没有发生，只是在新服务器上。
现在，抓住机会。我们的托管服务说这实际上是他们服务器上的一个问题，我也找不到代码原因。几个月后，我们决定在另一台主机上更换一台新的专用服务器……问题仍然存在。所以一定是代码出了什么问题，在什么地方，或者是我需要更改的配置。
问题是，没有特定的文件或脚本导致它。因为现在我有whm控制，我可以看到没有内存或cpu使用的问题。慢速日志查询为空，设置为20秒以记录。所发生的是，一切只是运行非常缓慢，然后很容易恢复正常。
我在日志中看到的错误是mysql消失了，或者其他类似的错误

AH01071: Got error 'Primary script unknown

或

(70007)The timeout specified has expired: [client IP] AH01075: Error dispatching request to : (polling) (Timeout is set at 300 seconds, nothing should take more than a couple to run).

我打开常规日志并注意到一件有趣的事情：当它发生时，一些线程需要一分钟以上才能关闭。日志上的查询是这样的

SELECT *, 
    COUNT(DISTINCT(command_type)) as conta, 
    MIN(event_time) as inicio, 
    MAX(event_time) as fim, 
    timediff(MAX(event_time),MIN(event_time)) as diferenca 
FROM `general_log` 
WHERE user_host LIKE '%hostname%' 
GROUP BY thread_id HAVING diferenca > "00:01:00"

它显示了两个结果，其中一个我知道的事实与感知的缓慢一致。更有趣的是，减速之前的最后一个命令是这个select

SELECT * FROM publicidade WHERE secao = 1 ORDER BY posicao ASC, data_insercao DESC LIMIT 2

问题是，这个select总是运行得很快，在一个有29行的表上，返回1个结果。这样做没有任何意义，但它总是最后显示的查询命令，甚至发现两种情况下，线程从未退出。
所以现在我束手无策。问题不断发生，无休无止，无缘无故地来来去去去，我也找不出原因。slow\u querys日志是空的，所以它不像有一个查询挂起，它只是在这个查询之后进入休眠状态，直到超时，没有进一步的php错误，什么都没有。几分钟后，同样的脚本运行正常，就像什么都没发生一样。我甚至可以看到www/non-www有不同的结果（一个是好的，另一个不是），以及通过ip直接访问的情况。
如何调试发生了什么？可能的原因是什么？
顺便说一下，永久连接已关闭。