如果您只关心获取计数，则不应首先将结果获取到派生表中，然后再将行计数出去。这可能会创建不必要的临时表，在内存中存储大量数据。您可以直接计算行数。
我还认为你需要计算论文的独特数量。因为很多人之间的关系 paper_citation_relation 表中，一张纸可能会出现重复的行。

SELECT COUNT(DISTINCT a.pid_from) 
FROM paper_citation_relation AS a 
INNER JOIN paper_word_relation AS b ON a.pid_from = b.pid
INNER JOIN paper_word_relation AS c ON a.pid_to = c.pid
WHERE b.word = 2 AND c.word = 2

为了提高性能，您需要以下索引：
综合指数 (pid_from, pid_to) 在 paper_citation_relation table。
综合指数 (pid, word) 在 paper_word_relation table。
我们还可以通过减少一个连接和使用条件连接来进一步优化查询 AND/OR 基于过滤的 HAVING . 不过，您需要对其进行基准测试。

SELECT COUNT(*) 
FROM (
      SELECT a.pid_from  
      FROM paper_citation_relation AS a 
      INNER JOIN paper_word_relation AS b 
        ON (a.pid_from = b.pid OR 
            a.pid_to = b.pid)  
      GROUP BY a.pid_from 
      HAVING SUM(a.pid_from = b.pid AND b.word = 2) AND 
             SUM(a.pid_to = b.pid AND b.word = 2)
     )

第一次之后 1:n 加入你也一样 pid_to 多次，你的下一次加入不再是 1:n 但是 n:m ，在决赛前创造了一个巨大的中间结果 DISTINCT . 它类似于交叉连接，对于流行词来说情况越来越糟，例如1010对10001000行。
必须在连接之前删除重复项，这将返回与@madhurbhaiya的答案相同的数字

SELECT Count(*) -- no more DISTINCT needed
FROM 
 (
    SELECT DISTINCT cr.pid_to -- reducing m to 1
    FROM paper_citation_relation AS cr
    JOIN paper_word_relation AS wr 
      ON cr.pid_from = wr.pid
    WHERE wr.word = 2
 ) AS dt
JOIN paper_word_relation AS wr
  ON dt.pid_to = wr.pid  -- 1:n join again
WHERE wr.word = 2

如果你想计算被引用的论文的数量，你需要得到一个不同的列表 pid （或者 pid_from 或者 pid_to )从 paper_citation_relation 先连接到特定的单词。

SELECT Count(*)
FROM
( -- get a unique list of cited or citing papers
    SELECT pid_from AS pid -- citing
    FROM paper_citation_relation
    UNION -- DISTINCT by default
    SELECT pid_to          -- cited
    FROM paper_citation_relation 
) AS dt
JOIN paper_word_relation AS wr
  ON wr.pid = dt.pid
WHERE wr.word = 2 -- now check for the searched word

这个返回的数字可能略高一些（不管引用的是什么论文，它都会计算在内）。