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演示，在MySQL5.7.21上运行：

mysql [localhost] {msandbox} (test) > CREATE TABLE t1 (
    ->     i1 INT NOT NULL DEFAULT 0,
    ->     i2 INT NOT NULL DEFAULT 0,
    ->     d DATE DEFAULT NULL,
    ->     PRIMARY KEY (i1, i2),
    ->     INDEX k_d (d)
    -> ) ENGINE = InnoDB;

mysql [localhost] {msandbox} (test) > explain SELECT COUNT(*) FROM t1 WHERE i1 = 3 AND d = '2000-01-01';
+----+-------------+-------+------------+------+---------------+---------+---------+-------+------+----------+-------------+
| id | select_type | table | partitions | type | possible_keys | key     | key_len | ref   | rows | filtered | Extra       |
+----+-------------+-------+------------+------+---------------+---------+---------+-------+------+----------+-------------+
|  1 | SIMPLE      | t1    | NULL       | ref  | PRIMARY,k_d   | PRIMARY | 4       | const |    1 |   100.00 | Using where |
+----+-------------+-------+------------+------+---------------+---------+---------+-------+------+----------+-------------+

这个查询选择主索引，您可以看到 key_len 是4，证明它将只使用32位int列中的一列。
当使用innodb表时，mysql通常更喜欢使用主索引（聚集索引），因为它比使用辅助索引更有效。

在这种情况下

WHERE i1 = 3 AND d = '2000-01-01';

我更愿意明确地说 INDEX(d, i1) （或 INDEX(i1, d) ). 我的理由是，我告诉读者，我考虑了索引，并意识到这是最好的查询。这将是一个“覆盖”指数，因此速度更快。
当然，这个 INDEX(d) 你应该和 INDEX(d, i1, i2) ，应该得到有效的利用。至于原因，我猜是优化器的疏忽。
至于文件，有几个措辞不恰当的地方。他们欢迎在bugs.mysql.com上发表文档评论。