你没有把任何东西放进 $data 数组。
按如下所示更改代码以将行加载到 $data 前面的数组 json_encode() 把它弄得乱七八糟

$results= $panel->query('SELECT * FROM servers ORDER BY id ASC;')->fetch_all();

$data = array();
foreach ($results as $row) {
    $data[] = $row;
}
$json_string = json_encode($data);
$file = 'servers.json';
file_put_contents($file, $json_string);

或者就像雷在下面说的，你用了 fetchAll 你可以不用foreach循环

$results= $panel->query('SELECT * FROM servers ORDER BY id ASC;')->fetch_all();

$json_string = json_encode($results);
$file = 'servers.json';
file_put_contents($file, $json_string);

编辑：你想要的输出？

你说你想要

{
    "ID": [
            "IP",
            PORT,
            "NAME"
    ],
    "ID": [
            "IP",
            PORT,
            "NAME"
    ]
}

当然这是不可能的，因为您有两个同名的键/属性，即。 "ID" ```
$results= $panel->query('SELECT * FROM servers ORDER BY id ASC;')->fetch_all();

$data = array();
foreach ($results as $row) {
$data[$row[0]] = [$row[2],$row[3],$row[1]];
}
$json_string = json_encode($data);
$file = 'servers.json';
file_put_contents($file, $json_string);