我使用vep（variant effect predictor）独立的perl脚本来注解一些变体，它连接到ensembl mysql数据库。我以前用过同样的剧本，没有任何问题。但现在我得到了一个错误：
dbi connect（'主机=ensembldb.ensembl.org；port=3337'，'anonymous'，…）失败：在'reading authorization packet'与mysql服务器失去连接，系统错误：110 at/home/sara/documenti/bin/vep/ensembl vep/bio/ensembl/registry.pm第1769行。
2条答案
按热度按时间yzxexxkh1#
异常
nnvyjq4y2#
--------msg:无法连接到位于ensembldb.ensembl的ensembl mysql服务器。org:3337; 检查您的设置&dbi错误消息：在“读取授权包”时与mysql服务器失去连接，系统错误：110 stack bio:：ensembl:：registry:：load \u registry \u from \u db/home/sara/documenti/bin/vep/ensembl vep/bio/ensembl/registry.pm:1769 stack bio:：ensembl:：vep:：basevep:：registry/home/sara/documenti/bin/vep/ensembl vep/modules/bio/ensembl/vep/basevep.pm:252 stack bio:：ensembl:：vep:：baserunner:：setup \u db \u connection/home/sara/documenti/bin/vep/ensembl vep/modules/bio/ensembl/vep/baserunner.pm:120堆栈bio:：ensembl:：vep:：runner:：init/home/sara/documenti/bin/vep/ensembl vep/modules/bio/ensembl/vep/runner.pm:118堆栈bio:：ensembl:：vep:：runner:：run/home/sara/documenti/bin/vep/ensembl vep/modules/bio/ensembl/vep/runner.pm:194堆栈顶层/主页/sara/documenti/bin/vep/ensembl vep/vep:224 date （当地时间）=2018年8月2日星期四11:30:01
使用端口3306而不是端口3337，一切正常。但是我需要使用端口3337来使用人类的grch37参考基因组，而端口3306是用于grch38的。
我正在使用ubuntu16.04.4lts，防火墙处于非活动状态。
有什么问题的建议吗？