我的回答是https://github.com/projectkudu/kudu/issues/1341，但是把我的答案抄在这里以防有人登陆这里。。。
回到以前，我们发现aspnet\u compiler.exe在azure网站中无法工作，因为它是如何处理配置文件文件夹的。我们当时做了一个改变，这有点像黑客，但让我们走了：我们把它变成了一个禁止行动，通过指向 HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Image File Execution Options\aspnet_compiler.exe 我们自己的傀儡( D:\Program Files (x86)\aspnet_compiler\KuduAspNetCompiler.exe ).
但现在尝试一下，它似乎能正常工作今天，可能是由于在azure网站托管环境的改进。因此，我们将尝试摆脱这个黑客和做一个完整的测试通过，以确保它不会造成任何重大倒退。如果一切顺利，我们可以将其投入生产，这将使这些场景成为可能。
短期内，您可以通过使用构建脚本来解决此问题：
从复制aspnet\u compiler.exe D:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319 你自己的网站文件，但用不同的名称（例如。 aspnet_compiler2.exe )
说服msbuild使用这个

注意：projectkudu上的这个github问题最终会使这个解决方案过时，但同时，这个问题作为backlog归档，现在就可以工作了。
谢谢谢谢大卫艾博。有了这些信息，我可以引导我的构建在短期内工作。
首先，我使用位于的诊断控制台从azure示例下载了aspnet\u compiler.exe https://{WEBSITE_NAME}.scm.azurewebsites.net/DebugConsole 并将其添加到我自己的存储库中。这样，32/64位之间就没有任何区别了，我把它改名为 azure_aspnet_compiler.exe 在我的存储库中。
其次，aspnetcompiler任务没有提供更改工具名称的选项。它是硬编码的，但是作为一个虚拟财产，所以它是可重写的。因此，我必须创建自己的任务类，并将其打包到自己的程序集中，该程序集是在发布模式下构建的，也包含在我的存储库中。

public class AzureAspNetCompiler : Microsoft.Build.Tasks.AspNetCompiler
{
    private string _toolName = "aspnet_compiler.exe";

    protected override string ToolName
    {
        get { return _toolName; }
    }

    public string CustomToolName // Because ToolName cannot have a setter
    {
        get { return _toolName; }
        set { _toolName = value; }
    }
}

接下来我需要更换 AspNetPreCompile 任务，但我不知道如何直接执行。但是这个任务什么也做不了，所以为什么不紧跟着它跑呢？
我把这个加到了我的头上 Website.csproj 导入包含 AzureAspNetCompiler 班级。请注意，路径是相对于 Website.csproj 我正在编辑的文件。

<UsingTask TaskName="AzureBuildTargets.AzureAspNetCompiler"
           AssemblyFile="..\DeploymentTools\AzureBuildTargets.dll" />

然后我在它的正下方添加了这个，它基本上窃取了的msbuild目标定义 AspNetPreCompile 从 C:\Program Files (x86)\MSBuild\Microsoft\VisualStudio\v11.0\Web\Transform\Microsoft.Web.Publishing.AspNetCompileMerge.targets ，去掉了它顶部附近的一些属性设置内容（因为原始任务无论如何都会为我们完成） ToolPath 以及 CustomToolName 属性底部的值（重命名） AzureAspNetCompiler 元素。

<PropertyGroup>
        <!--Relative to solution root apparently-->
        <LocalRepoDeploymentTools>.\DeploymentTools</LocalRepoDeploymentTools>
        <AzureAspnetCompilerPath>$([System.IO.Path]::GetFullPath($(LocalRepoDeploymentTools)))</AzureAspnetCompilerPath>
</PropertyGroup>

<Target Name="NoReallyAspNetPreCompile" AfterTargets="AspNetPreCompile">

<AzureAspNetCompiler
  PhysicalPath="$(_PreAspnetCompileMergeSingleTargetFolderFullPath)"
  TargetPath="$(_PostAspnetCompileMergeSingleTargetFolderFullPath)"
  VirtualPath="$(_AspNetCompilerVirtualPath)"
  Force="$(_AspNetCompilerForce)"
  Debug="$(DebugSymbols)"
  Updateable="$(EnableUpdateable)"
  KeyFile="$(_AspNetCompileMergeKeyFile)"
  KeyContainer="$(_AspNetCompileMergeKeyContainer)"
  DelaySign="$(DelaySign)"
  AllowPartiallyTrustedCallers="$(AllowPartiallyTrustedCallers)"
  FixedNames="$(_AspNetCompilerFixedNames)"
  Clean="$(Clean)"
  MetabasePath="$(_AspNetCompilerMetabasePath)"
  ToolPath="$(AzureAspnetCompilerPath)"
  CustomToolName="azure_aspnet_compiler.exe"
    />

<!--
    Removing APP_DATA is done here so that the output groups reflect the fact that App_data is
    not present
    -->
<RemoveDir Condition="'$(DeleteAppDataFolder)' == 'true' And Exists('$(_PostAspnetCompileMergeSingleTargetFolderFullPath)\App_Data')"
           Directories="$(_PostAspnetCompileMergeSingleTargetFolderFullPath)\App_Data" />

<CollectFilesinFolder Condition="'$(UseMerge)' != 'true'"
  RootPath="$(_PostAspnetCompileMergeSingleTargetFolderFullPath)" >
  <Output TaskParameter="Result" ItemName="_AspnetCompileMergePrecompiledOutputNoMetadata" />
</CollectFilesinFolder>

<ItemGroup Condition="'$(UseMerge)' != 'true'">
  <FileWrites Include="$(_PostAspnetCompileMergeSingleTargetFolderFullPath)\**"/>
</ItemGroup>

有了这个，一切都如我所愿。