我正在尝试使用orthomcl，其中包括在linux中使用mysql。我可以访问一个大学范围的集群，该集群设置了一个基本的登录界面，用于非常小的命令（<5分钟，内存不足）和多个远程分区，我只能通过slurm与之交互。这些分区没有交互命令。
我没有sudo权限，所以我安装了mysql的本地版本，并且能够通过登录和其他侦听端口打开mysql连接（这些最终都是通过登录运行的）。
我暂时摆脱了这个问题，并将一个大表（~140gb）加载到了我的orthomcl数据库中。然而，当我开始集群时，它终于抓住了我，吉格舞开始了！但是他们没有时间帮我找到在其他分区上运行mysql的方法。。。我需要在另一个分区上运行我的资源密集型命令，但是如果没有直接的命令行访问或使用slurm语法，我不知道如何做到这一点。
有什么想法吗？我只是个笨手笨脚的可怜的生物学家。
1条答案
按热度按时间a0x5cqrl1#
我找到了一个解决办法，如果以后有人碰到这个。再说一次，我在胡闹，所以我保证这不是最好的做法，但它为我工作。
首先，我将.cnf和.config文件中的端口更改为集群上的非登录侦听端口。
我使用批处理脚本在非登录分区上从wsu的这个优秀资源启动mysql示例：https://hpc.wsu.edu/programmers-guide/running-databases/ 我无法让orthomcl命令在这里面运行，所以我只是在故障保护停止点之后将其切断。
sbatch开始.sh
我在slurm outfile中获得了分配给它的分区节点的名称，然后检查它是否在日志文件中打开，并使用
srun--nodelist=nodename mysqladmin-s/path/to/special/socket-p port-u root状态
然后我可以像平常一样访问和使用这个分区
屏幕srun-p batchpartition--time=d-hh:mm:ss--nodelist=nodename orthomclloadblast orthomcl.config similarsequences.txt
orthomcl-specific：确保您记得在orthomcl.config文件中更改端口！
希望有一天有人能给出一个更好的答案，但这在紧要关头是可行的。