尝试使用元组，或者如果可能的话使用子查询。
1000项，如（1，2，3，…，1000）
对集合数量没有限制：在（（1），（2），（3），…）*<==不删除！*见下文
子查询中没有限制：in（select…）

错误很明显，只需将您的大列表拆分为小列表，然后将它们传递给您的查询，如果您使用的是java 8+，您可以使用此方法将java 8中的列表按szymon stepniak拆分为n个大小的列表，

private static <T> Collection<List<T>> partition(List<T> list, int size) {
    final AtomicInteger counter = new AtomicInteger(0);

    return list.stream()
            .collect(Collectors.groupingBy(it -> counter.getAndIncrement() / size))
            .values();
}

您的服务可以如下所示：

List<String> listMoreThan1000 = ...;
int size = 1000;
Collection<List<String>> split = partition(listMoreThan1000, size);
String inClause = "", or = "";
for (int i = 0; i < split.size(); i++) {
    inClause += or + "r.uid in ?" + i;
    or = " OR ";
}
String query = String.format("SELECT r.subject, COUNT(DISTINCT ss.id), COUNT(DISTINCT r.uid)" +
        " FROM %s r, %s ss" +
        " WHERE r.id = ss.id" +
        " AND %s GROUP BY r.subject", R.class.getName(), SS.class.getName(), inClause);

Query query = session.createQuery(query);
for (int i = 0; i < split.size(); i++) {
    query.setParameter("?" + i, split.get(i));
}

List<Object[]> rows = query.list();

最后的查询应该如下所示：

SELECT r.subject, COUNT(DISTINCT ss.id), COUNT(DISTINCT r.uid)
FROM R r, SS ss
WHERE r.id = ss.id
AND r.uid in ?1 OR r.uid in ?2 OR r.uid in ?3 GROUP BY r.subject

注意这部分：

r.uid in ?1 OR r.uid in ?2 OR r.uid in ?3

这将检查uid是否存在于第一个子列表或第二个子列表中。。。直到n子列表