可以使用kudu命令api清除webapp服务器上的wwwroot文件夹。kudu命令restapi将执行 command 在服务器上的指定目录中。

{
    command = "find . -mindepth 1 -delete"  
    dir = "/home/site/wwwroot
}

在azure应用程序服务部署任务之前添加azure powershell任务，并在内联脚本下运行。

$ResGroupName = ""
$WebAppName = ""

# Get publishing profile for web application

$WebApp = Get-AzWebApp -Name $WebAppName -ResourceGroupName $ResGroupName
[xml]$publishingProfile = Get-AzWebAppPublishingProfile -WebApp $WebApp

# Create Base64 authorization header

$username = $publishingProfile.publishData.publishProfile[0].userName
$password = $publishingProfile.publishData.publishProfile[0].userPWD
$base64AuthInfo = [Convert]::ToBase64String([Text.Encoding]::ASCII.GetBytes(("{0}:{1}" -f $username,$password)))

$bodyToPOST = @{  
                  command = "find . -mindepth 1 -delete"  
                  dir = "/home/site/wwwroot"  
}  

# Splat all parameters together in $param

$param = @{  
            # command REST API url  
            Uri = "https://$WebAppName.scm.azurewebsites.net/api/command"  
            Headers = @{Authorization=("Basic {0}" -f $base64AuthInfo)}  
            Method = "POST"  
            Body = (ConvertTo-Json $bodyToPOST)  
            ContentType = "application/json"  
}  

# Invoke REST call

Invoke-RestMethod @param

以上脚本将清空文件夹 /home/site/wwwroot 每次部署前。
如果需要删除应用服务器上的特定文件，可以使用kudu delete rest api：

DELETE /api/vfs/{path}
Delete the file at path.

有关更多示例，请查看此处。