最后我在grokbase上找到了解决办法。因为找到解决方案花了太长时间，我将在这里复制并添加到它。
假设您想使用以下语句存储输出

STORE Relation INTO 'foo/bar';

然后，为了删除目录，您可以在脚本的开头调用

rmf foo/bar

否“；”或引用，因为它是shell命令。
我现在无法复制它，但在某个时间点，我收到了一条错误消息（关于丢失的文件），我只能假设rmf干扰了map/reduce。所以我建议将调用放在任何关系声明之前。设置之后，寄存器和默认值应该可以。
例子：

SET mapred.fairscheduler.pool 'inhouse';
REGISTER /usr/lib/pig/contrib/piggybank/java/piggybank.jar;
%default name 'foobar'
rmf foo/bar
Rel = LOAD 'something.tsv';
STORE Rel INTO 'foo/bar';

一旦使用fs命令，有很多方法可以做到这一点。对于一个单独的文件，我在脚本的开头添加了以下内容：

-- Delete file (won't work for output, which will be a directory
-- but will work for a file that gets copied or moved during the
-- the script.)
fs -touchz top_100
rm top_100

对于目录

-- Delete dir
fs -rm -r out