php必须在我的apache服务器上的var/www文件夹中吗(这里也是index.html），从这个文件夹连接到数据库？
这取决于你的计划 /etc/apache2/sites-available/000-default.conf . 我假设您使用默认配置安装了 apt-get .
index.html必须位于顶层目录中（仅在var/www中，而不是例如var/www/src中）
例如，如果您的源代码在 /var/www/src 而不是 /var/www ，只需修改 000-default.conf . 例子：

<VirtualHost *:80>
    ServerAdmin webmaster@localhost
    ServerName your_domain_name.com
    DocumentRoot /var/www/src/
    <Directory />
            Options FollowSymLinks
            AllowOverride None
            Options -Indexes
    </Directory>
    <Directory /var/www/src>
            Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
            AllowOverride All
    Require all granted
            Options -Indexes
    </Directory>

    ErrorLog /var/log/your_log_file.log
    LogLevel warn
    CustomLog /var/log/your_access_log_file.log combined
</VirtualHost>

重新启动apache并尝试在浏览器中打开以查看它是否正常工作。
至于数据库，因为您有phpmyadmin，所以只需从本地计算机导出sql数据并将其导入vps phpmyadmin。