下面的脚本应该可以解决您的比较问题。它 divide and conquer algorithm ，我在这里申请。这段代码适用于windows，稍有改动就可以适用于任何其他操作系统。
基本上，这里你的数据将导出每个表一个文件，然后比较将做一个文件一个文件，即表表。这将减少数据大小。

mysql -h master-database -u masteruser -pmasteruser_Password masterdatabase --skip-column-names --execute='SHOW TABLES;' > tables.tmp
echo "Start!"
 while read p; do
  echo "Exporting Master" $p
  mysqldump -h master-database -u masteruser -pmasteruser_Password master_database $p > master_$p.sql
  echo "Exporting Slave" $p
  mysqldump -h slave-database -u slaveuser -pslaveuser_Password slave_database $p > slave_$p.sql
  echo "Doing Diff"
  ##I'm less familiar with this, but I believe it should work.
  mysqldiff master_$p.sql slave_$p.sql > diff_$p.sql
 done <tables.tmp

 rm tables.tmp

我希望这能解决你的问题。