解释

你有

Scanner fileReader = new Scanner(userFile);
FileWriter fileWriter = new FileWriter(userFile);

所以你的读者和作者都和 userFile . 虽然这已经是一个坏主意开始（他们会相互干扰），在这种特殊情况下，它也会导致你的问题。
原因是因为 new FileWriter(userFile) 将在文件开始写入之前截断它。因此，文件也为空 fileReader 立即。

解决方案

你可以打开一个 FileWriter 通过添加 true 作为第二个参数（请查看文档），但正如前面所说，更大的问题是，读写器同时绑定到同一个资源。
我没看到你用 fileWriter 在代码段中。因此，我建议你首先完成你所有的阅读和创作 fileWriter 稍后，当你真的需要它时，在你读完它之后。
如果您真的想同时读写，您应该在 List<String> 先把实际的写作推迟到你写完的那一刻。

nio公司

最后一个注意事项是，我们更喜欢使用nio进行此类文件操作。它使用起来简单得多，而且还可以确保流的开放时间不会超过需要的时间。

评论

我觉得这部分很奇怪：

StringBuilder fileInput = new StringBuilder();
while (fileReader.hasNext()) {
    fileInput.append(" ").append(fileReader.next());
}

String[] fileList = fileInput.toString().split(" ");

您正在读取文件并准备 StringBuilder 只是为了再次分割结果。这太浪费了。实际上你应该用的是 List :

List<String> fileList = new ArrayList<>();
while (fileReader.hasNext()) {
    fileList.add(fileReader.next());
}

使用nio，您可以扔掉扫描仪，简化为：

List<String> fileList = Files.lines(userFile.toPath())
    .collect(Collectors.toList());