但这违背了jls
仅回答此语句：checker正在实现jls 9.7.4中所描述的内容：
尽管不是必需的，但通常是在所有其他修饰符之前编写声明注解，并在应用它们的类型之前立即编写类型注解。
如checker's的javadoc所示 Nullable : Nullable 是类型注解
因此，它应该出现在应用它的类型之前，即方法的返回类型。
您还在评论中链接了jls 8.4.3。这显示了语法生成 MethodModifier :

MethodModifier:
    (one of)
    Annotation public protected private
    abstract static final synchronized native strictfp

这并不直接相关：首先，它说你只能使用其中一个修饰符，所以它不能告诉你任何关于排序的信息。但是如果你查看JLS19，你可以找到 MethodModifier 出现：

MethodDeclaration:
    {MethodModifier} MethodHeader MethodBody

MethodModifier:
    (one of)
    Annotation public protected private
    abstract static final synchronized native strictfp

MethodHeader:
    Result MethodDeclarator [Throws]
    TypeParameters {Annotation} Result MethodDeclarator [Throws]

所以，checker告诉您按照 MethodHeader 生产。

你说“这违反了jls”，但事实并非如此。这是合法的java，而且是更好的风格。
checker framework手册描述了如何抑制警告，例如通过 @SuppressWarning("type.anno.before.modifier") 注解或 -AsuppressWarnings=type.anno.before.modifier 命令行参数。