虽然平台独立性非常值得努力，但我认为java和.net是常用的，因为有大量的框架可用，这使得开发企业级应用程序变得非常容易。java尤其如此，在java中，您可以选择高质量的技术，其中大多数技术都足够灵活，可以满足大多数项目的需要，使您能够专注于应用程序的功能。
另外，java和.net没有发动一场战争的意图，它们有更好的开发工具支持，并且对于普通程序员来说更容易/更快地进行开发。

我是这样理解你的问题的：如果客户端使用http访问服务器，那么有其他更合适的方法来设置服务器，为什么选择java或.net呢？
服务器操作系统或框架通常对客户机不重要，这是对的。
但是，客户端也可以包含小程序或代码，这些小程序或代码需要与服务器上的对应程序进行通信。然后jsp或.net变得更加有趣，因为您不必管理不同的客户端操作系统。然后网站变得容易扩展。
如果你想集成一些很好的绘图和图表解决方案（telerik，dundas。。。或者不管是什么-不意味着广告-）从第三方你也必须选择一个兼容的服务器基础设施来运行它们。

实际上，选择它们的理由几乎完全相反：
java的平台独立性意味着您不必局限于一个平台，因此在选择最经济高效的平台或最可靠的平台时更加灵活。你可以让你的应用程序运行，即使你不得不改变服务器平台，因为旧的不再支持。
选择.net是因为如果你想把自己绑在一个操作系统上，那么微软是最大的参与者，因此也是风险最小的选择——或者仅仅是因为公司通过exchange这样的网关药物落入了“全微软商店”的陷阱。一旦你到了那里，.net就是微软希望你使用的，它支持并集成了微软目前的所有工具。

在早期的web时代，主要是perl和偶尔勇敢的灵魂不喜欢perl或希望使用c获得更高的性能。然后sun为java开发了jdbc和servlet，然后又开发了其他j2ee组件，java成为perl的高性能替代品，并且比c更简单。随着j2ee的出现，很多应用服务器产品都来自大公司，现在你有了一个很大的javaweb/app服务器社区。
后来，微软在与sun的j++/java大战中失利，并与.net一起创建了一个类似的web应用基础设施。有了.net，你的选择就少了，它带来了所有的优点和缺点。
因此，我认为解决办法是综合考虑良好的性能、安全性和企业特性，以及主要的企业支持。c++对大多数人来说太难和危险了。perl、php、python和ruby有自己的粉丝，但没有公司的支持。我认为java/.net在虚拟机上这一事实对于服务器端并不重要。java最初为客户机使用vm。sun不得不努力制造一个快速服务器vm。我认为微软使用虚拟机是为了与sun竞争，使其更容易支持多种语言。谷歌的go语言能否腾飞将是一件有趣的事情，它在安全性和功能上可能会超过java和c语言，但没有虚拟机。

java和.net在服务器端都有各自的优点。
例如，使用.net，您可以自由地为正在处理的应用程序部分选择最佳语言，并且所有这些.net语言都可以协同工作。
因此，您可能希望使用f#实现数据挖掘功能，使用c#处理数据库，使用非托管c++（通过瘦托管c++层）实现快速网络连接或系统调用，还有许多其他语言。net目前不太独立于平台，但与语言无关。
java可以在几种不同的操作系统上使用，这对于销售解决方案是有利的，因为您不关心客户在使用什么操作系统。
现在jvm越来越不依赖于语言，clojure和scala已经不再依赖jvm了，因此java在设计应用程序方面变得更加有趣。

.net仅适用于windows平台。java是这两种语言中唯一一种独立于平台的语言。
由于许多原因，这些语言在服务器端具有强大的影响力：
许多处理问题子任务的库
这两个框架的构建都考虑到了安全性
它们是托管语言，很难对付典型的软件攻击。
它们被认为是成熟的技术，它们已经被大量滥用，并且经受住了考验。
他们得到了业界的支持。
两者都是面向对象的
这意味着可以通过使用可重用组件或第三方组件来开发网站。
这两种语言都允许非托管组件的“沙盒”（java:jni.net:boxing）[允许包含遗留组件]

那么，在服务器端使用它有什么意义呢，因为所有的网站都可以通过浏览器访问，而且是独立于平台的？
嗯，web应用程序不仅仅是为了好玩而呈现html，它们在服务器端做的事情可能涉及到与数据库交谈、向妈妈发送消息等。
使用它们有什么特别的原因吗？
这是一个部分的答案，但我想至少在这里介绍一下java的情况。我可以从java是一种安全的、健壮的、垃圾收集的、面向对象的、高性能的、多线程的、解释的、与体系结构无关的、跨平台的、符合流行语的编程语言开始。。。但这并不能真正回答你的问题。实际上，在服务器端使用java的最大好处是，您可以从标准化的企业API（又名j2ee）中获益，这些API允许您以标准的方式处理“企业事务”（jdbc、jta、jms等），并独立于硬件、操作系统和软件供应商（这对于合同谈判来说是一大优势）。换句话说，java非常适合于异构环境，这种环境在大型组织中几乎总是如此，而且不会将您锁定。

浏览器不能访问那些框架可以访问的服务器资源（数据库、文件等）。你不可能有一个只有javascript的应用程序（并且做有意义的事情）

它们将底层系统虚拟化，因此可以在不同类型的服务器操作系统上运行。
而且，它们被设计成通用的应用程序开发系统，因此它们可以在任何带有处理器的设备上运行。
如果您是因为不明白为什么会接受抽象层的开销而问这个问题，请记住java和.net jit都是本地代码。