问题出在你的问题上 gradeOfStudents() 方法。你有2个 for 循环。

for(int i = 0; i < numberStudents;) {
    for(int j = 0; j < numberStudents; i++ ) {

你的第一个循环 numberOfStudents 次，第二个循环也运行 numberOfStudents 次。
真正的问题是，你知道 i++ 对于每个迭代。所以你增加了 i 至 numberOfStudents * 2 . 但是你的数组只有一个大小 numberOfStudents .
实际上，第二个循环没有意义，因为您不需要而且显然也不使用 j . 一个循环就足够完成这个任务了。固定的代码段如下所示：

public static int[] gradeOfStudents(int numberStudents) {
    Scanner input = new Scanner (System.in);
    int[] grades = new int [numberStudents];
    String[] name = new String[numberStudents];
    for(int i = 0; i < numberStudents; i++) {
        System.out.print("Enter the name of the " + (i + 1) + " student: ");
        name[i] = input.next();
            System.out.print("Enter the " + (i + 1) + " student's grade: " );
        grades[i] = input.nextInt();              
    }
    return grades;
}

但是通过这种方法，您可以看到实际上您放弃了 name 完全阵列。我想你不想那样。
所以更面向对象的方法是，创建一个类 Student ，然后保存属性 grade 以及 name .
比如说：

class Student {

    private int grade;
    private String name;

    public Student(int grade, String name) {
        this.grade = grade;
        this.name = name;
    }

    // then provide getters and setters for the attributes

}

然后创建并存储 new Student(grade, name) 你的每一个输入。

移除j for循环，并将i++（增量i）添加到第一个for循环

public static int[] gradeOfStudents(int numberStudents) {
Scanner input = new Scanner (System.in);
int[] grades = new int [numberStudents];
String[] name = new String[numberStudents];
for(int i = 0; i < numberStudents; i++) {
    System.out.println("Enter the name of the " + (i + 1) + " student: ");
    name[i] = input.next();
    System.out.println("Enter the " + (i + 1) + " student's grade: " );
    grades[i] = input.nextInt();              
} 
return grades;

}

在gradeofstudents（int）方法中有第二个循环：

for(int j = 0; j < numberStudents; i++ ) {

如您所见，循环变量是'j'，但它会在每个循环后更新'i'，因此第一个循环中的i<numberstudents检查不再为每个'i'调用->它可能超出界限。
您似乎也没有使用“j”表示任何东西，整个循环可能是多余的。