System.exit(1); 应该很管用。请注意，如果退出时出现错误，通常会设置非零退出代码。从文件中：
参数用作状态代码；按照惯例，非零状态码表示异常终止。
这意味着您可以使用通用约定编写脚本，生成程序的任何进程都可以做出相应的React等。

system.exit（）；终止jvm。int是状态码（0表示“正常”退出）。如果它没有退出，那是因为代码的那部分是不可访问的，根本没有被执行。
javaapi-system.exit（）

java.lang.System 没有一个 exit 方法没有参数，所以 System.exit(); 可能是编译错误( System.exit(1); ）代码无法工作的原因可能是您没有重新编译它，所以您仍然在运行添加该行之前的某个旧版本。

假设您正试图从java安装firefox.bat文件

public static void main(String[] args) throws InterruptedException {
    try {
        String[] command = { "cmd.exe", "/C", "Start", "C:\\firefox.bat" };
        Runtime.getRuntime().exec(command).waitFor();
    } 
    catch (Exception e) 
    {
        System.out.println("Execution error");
    }
}

这将触发命令提示符，窗口将被打开，直到您在安装firefox后手动关闭它。
修复方法是，在您的.bat文件中，在您的命令刚输入“exit”之后，例如：
您的firefox.bat将包含
@启动/等待“firefox”“c:\firefox setup 41.0.exe”-ms
出口
这将关闭命令提示符窗口。希望这有帮助。。。

看看下面的链接
http://www.cs.bris.ac.uk/jot/decisions/exercise11/exit.html
程序必须返回退出代码是一个通用约定。退出代码应为零表示成功，非零表示失败。平台对于不同的非零代码的含义有所不同，因此程序员通常只返回1作为失败的一般指示。

如果您想关闭应用程序正在运行的命令提示符窗口，那么我不认为有办法做到这一点（至少不是很好）。
为什么要从命令提示符启动应用程序，然后关闭现有的命令提示符窗口？这肯定会消除您正在输出的错误消息（除非它也正在被记录-在这种情况下，为什么要将它打印到您要关闭的窗口？）。
这是特定于windows的，但在windows资源管理器中创建快捷方式 java -jar MyJarFile.jar 或者 java MyCompiledClass 你想要什么？关于这种方法的说明可以在这里找到。

如果我理解正确，您希望在命令提示符下运行程序，如果程序失败，您希望它显示错误消息，关闭程序和commad提示符窗口？
如果是这样的话，那么我唯一能想到的就是在一个批处理文件中运行程序，这个批处理文件检查程序的退出状态。所以在你的代码中写下你的错误信息，然后我建议睡眠几秒钟，这样用户就可以看到它，然后用状态码1退出。

if(SomeCondition){
  System.err.println("ERROR MESSAGE...");
  Thread.sleep(3000);//Sleep for 3 seconds... 
  System.exit(1);
}

然后从检查“errorlevel”环境变量的批处理文件运行程序。

java <INSERT_PROGRAM_NAME>
IF %ERRORLEVEL% == 1 exit

希望这有帮助：）