前导零表示文字是用八进制（以8为基数的数字）表示的。
0123可以通过 (1 * 8 * 8) + (2 * 8) + (3) ，小数点后等于83。由于某些原因，八进制浮点数不可用。
如果不想用八进制表示文字，就不要使用前导零。
还有一个 0x 表示文字以十六进制（以16为基数）表示的前缀。

因为以 0 被视为八进制数。
见jls第3.10.1节

试试这个：

public static String leftPad(int n, int padding) {
    return String.format("%0" + padding + "d", n);
}
leftPad(5, 3); // return "005"
leftPad(15, 5); // return "00015"
leftPad(224, 3); // return "224"
leftPad(0, 4); // return "0000"

第一个打印为83，因为java将0123作为八进制数，并打印与该数字等价的十进制数。

八进制（前导0）和十六进制（前导0x）是从c继承的。比较一下，试试看

System.out.println(0x123);

0123 -> 83
1010L -> 1010  
0101L -> 65

数字 1010L 以及 0101L 不是二进制表示（只是为了避免混淆）。
这些数字用十进制表示。
即使按照oracle文档中的正则表达式模式，
\0n是八进制值为0n（0<=n<=7）的字符
\xhh是十六进制值为0xhh的字符
因此，你的号码 0101 在里面吗 Integer 或者 Long 格式被视为数字的八进制表示。

123 => 1 * 8^2 + 2 * 8^1 + 1 * 8^0 = 83
0101 => 1 * 8^2 + 0 * 8^1 + 1 * 8^0 = 64 + 0 + 1 = 65

在java中，前导为零的整数是八进制整数（基8）。

(1 * 8^2) + (2 * 8^1) + (3 * 8^0) = 83

所以如果你不想把它当作八进制数，就不要用任何以0开头的数字。

printf 会做到：http://java.sun.com/developer/technicalarticles/programming/sprintf/

public class X
{
    public static void main(final String[] argv)
    {
        System.out.printf("%04d", 123);
        System.out.println();
    }
}

你也可以做到 "%0" + size + "%d" 如果你想改变长度。。。不过如果长度很常见的话，我可能会用 "%04d" , "%012d" 等等。。。