经过几次测试和搜索，我找到了解决办法。
要更改文件的字符集编码，我需要使用新的目标字符集来读写文件，但是要创建一个可以接收任何字符集的通用文件，我需要标识源字符集。
为了实现这一点，我添加了一个称为 UniversalDetector :

<dependency>
        <groupId>com.github.albfernandez</groupId>
        <artifactId>juniversalchardet</artifactId>
        <version>2.3.1</version>
    </dependency>

用它我可以做到：

encoding = UniversalDetector.detectCharset(file.getInputStream());
    if (encoding == null) {
        //throw exception
    }

以及转换文件的方法：

private static void encodeFileInLatinAlphabet(InputStream source, String fromEncoding, File target) throws IOException {
        try (BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(source, fromEncoding));
             BufferedWriter writer = new BufferedWriter(new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(target),
                     StandardCharsets.ISO_8859_1))) {
            char[] buffer = new char[16384];
            int read;
            while ((read = reader.read(buffer)) != -1)
                writer.write(buffer, 0, read);
        }
    }

所以我可以接收任何字符集，并在所需的字符集编码。
注意：在我的情况下，我总是需要文件 ISO_8859_1 因此，方法中的原因是固定的，但是您可以接收目标字符集作为参数。