这将提取 .exe 到本地磁盘上的本地文件。当java程序存在时，文件将被删除。

import java.io.Closeable;
import java.io.File;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.FileOutputStream;
import java.io.IOException;
import java.io.InputStream;
import java.io.OutputStream;
import java.net.URI;
import java.net.URISyntaxException;
import java.net.URL;
import java.security.CodeSource;
import java.security.ProtectionDomain;
import java.util.zip.ZipEntry;
import java.util.zip.ZipException;
import java.util.zip.ZipFile;

public class Main
{
    public static void main(final String[] args)
        throws URISyntaxException,
               ZipException,
               IOException
    {
        final URI uri;
        final URI exe;

        uri = getJarURI();
        exe = getFile(uri, "Main.class");
        System.out.println(exe);
    }

    private static URI getJarURI()
        throws URISyntaxException
    {
        final ProtectionDomain domain;
        final CodeSource       source;
        final URL              url;
        final URI              uri;

        domain = Main.class.getProtectionDomain();
        source = domain.getCodeSource();
        url    = source.getLocation();
        uri    = url.toURI();

        return (uri);
    }

    private static URI getFile(final URI    where,
                               final String fileName)
        throws ZipException,
               IOException
    {
        final File location;
        final URI  fileURI;

        location = new File(where);

        // not in a JAR, just return the path on disk
        if(location.isDirectory())
        {
            fileURI = URI.create(where.toString() + fileName);
        }
        else
        {
            final ZipFile zipFile;

            zipFile = new ZipFile(location);

            try
            {
                fileURI = extract(zipFile, fileName);
            }
            finally
            {
                zipFile.close();
            }
        }

        return (fileURI);
    }

    private static URI extract(final ZipFile zipFile,
                               final String  fileName)
        throws IOException
    {
        final File         tempFile;
        final ZipEntry     entry;
        final InputStream  zipStream;
        OutputStream       fileStream;

        tempFile = File.createTempFile(fileName, Long.toString(System.currentTimeMillis()));
        tempFile.deleteOnExit();
        entry    = zipFile.getEntry(fileName);

        if(entry == null)
        {
            throw new FileNotFoundException("cannot find file: " + fileName + " in archive: " + zipFile.getName());
        }

        zipStream  = zipFile.getInputStream(entry);
        fileStream = null;

        try
        {
            final byte[] buf;
            int          i;

            fileStream = new FileOutputStream(tempFile);
            buf        = new byte[1024];
            i          = 0;

            while((i = zipStream.read(buf)) != -1)
            {
                fileStream.write(buf, 0, i);
            }
        }
        finally
        {
            close(zipStream);
            close(fileStream);
        }

        return (tempFile.toURI());
    }

    private static void close(final Closeable stream)
    {
        if(stream != null)
        {
            try
            {
                stream.close();
            }
            catch(final IOException ex)
            {
                ex.printStackTrace();
            }
        }
    }
}

操作系统不关心或不知道.jar文件，因此您必须解包 .exe 在执行之前，将文件保存到某个临时位置。

//gets program.exe from inside the JAR file as an input stream
InputStream is = getClass().getResource("program.exe").openStream();
//sets the output stream to a system folder
OutputStream os = new FileOutputStream("program.exe");

//2048 here is just my preference
byte[] b = new byte[2048];
int length;

while ((length = is.read(b)) != -1) {
    os.write(b, 0, length);
}

is.close();
os.close();

当其他用户正确回答问题时，提取并运行cleanup。另一个需要考虑的问题是完全本土化。
您已经在使用本机二进制文件来实现特定任务。为什么不创建一个本机安装程序来安装应用程序，并将二进制文件安装到操作系统特定的位置（win32上的程序文件）并创建合适的快捷方式。
这样，您的应用程序将感觉更加原生，意味着您不需要编写或管理代码来绕过这个事实。目前，jar看起来像是一段跨平台的代码（jar可以在任何地方运行吗？），但它打包了一个本机二进制文件，不会在任何地方运行。这感觉很矛盾。
对于安装人员，我可以推荐nullsoft安装系统（nsis），因为他们有许多优秀的教程和代码示例可供学习。

使用

getClass().getResource(what).openStream()

并复制到磁盘中的另一个文件。

您可以编写一个简单的java程序来使用runtime.exec（）启动exe。然后可以将jar的“main class”属性设置为该启动器类。然后用户可以运行jar，它将运行exe。