from table1, table3 在大多数数据库中是交叉连接，由于数据的大小，交叉连接是巨大的，但在sqlite3中它是一个内部连接。从sqlite中选择docs
旁注：交叉连接的特殊处理。“内部联接”、“联接”和“联接”运算符之间没有区别。它们在sqlite中完全可以互换。
在这种情况下，这不是你的问题，但我们不要试探命运；总是显式地写出连接。

select count(*)
from table1
join table3 on id=table3.table1_id
where table3.table2_id = 123
  and id in (134,267,390,4234);

因为您只是在计数，所以不需要表1中的任何数据，但是id.table3有table1\u id，所以不需要与table1联接。我们完全可以用table3连接表来实现这一点。

select count(*)
from table3
where table2_id = 123
  and table1_id in (134,267,390,4234);

sqlite只能对每个表使用一个索引。要在如此大的数据集上执行此操作，需要两列的复合索引： table3(table1_id, table2_id) . 想必您不想要重复的，所以应该采用唯一索引的形式。这将包括对table1\u id的查询以及对table1\u id和table2\u id的查询；您应该删除table1\u id索引以节省空间和时间。

create unique index table3_unique on table3(table1_id, table2_id);

对于只使用table2\u id的查询，复合索引不会保留现有的table2\u id索引。
您的查询现在应该运行lickity split。
有关更多信息，请阅读sqlite查询优化器。
太字节就是大量的数据。虽然sqlite在技术上可以处理这个问题，但它可能不是最好的选择。对于小型和简单的数据库来说，它是很好的，但是它缺少很多特性。您应该研究一个更强大的数据库，比如postgresql。它不是一个灵丹妙药，所有相同的原则都适用，但它更适合于这种规模的数据。