正如@sinclair在评论中指出的，您正在初始化 sma 在0中，因此只能替换 sma 的值是负数。要修复它，请初始化 sma 您的程序应该认识到最大的价值。这样，每个不是0的数字都将在比较和重新计算中正确使用 sma 的值（如果需要）。
改变 sma=0; 对于 sma=50000; 我使用50000作为您检查的最大值是49999，如果这是用户输入的唯一数字，那么它是最小的。

尝试使用@sinclair添加的有意义的标识符名称。您需要将第一个元素初始化为最小和最大的元素，这可能是一个可行的解决方案。

public static void check() {
    int pos=0;
    int neg=0;
    double topos=0;
    double toneg=0;
    double lar;
    double sma;
    double in;
    in = input.nextDouble();
    sma = in;
    lar = in;
    do {
          if(in>0 && in <50000) {
              pos++;
              topos=topos+in;
          }else if(in <0 && in>-50000) {
              neg++;
              toneg+=in;
          }
          if(in>lar) {
              lar=in;
          }
          if(in<sma && in!=0) {
              sma=in;
          }
          in = input.nextDouble();
        }while(in !=0);
        System.out.println(neg+pos+" numbers input");
        System.out.println("Total pos "+topos);
        System.out.println("Total neg "+toneg);
        System.out.println("Aver pos "+topos/pos);
        System.out.println("Ave neg "+toneg/neg);
        System.out.println("Ave all "+(topos+toneg)/(pos+neg));
        System.out.println("Largest number "+lar);
        System.out.println("Smallest number "+sma);
}

我想建议您将读取值从输入和处理分离为两种不同的方法。这种方法的优点是可以将退出的条件与逻辑的其余部分分开。

static final Scanner input = new Scanner(System.in);
public static void main(String[] args) {
    var numbers = getNumbers();
    check(numbers);
}
private static List<Double> getNumbers() {
    System.out.println("Input some numbers , press 0 to exit");
    List<Double> numbers = new ArrayList<>();
    double number;
    while (true) {
        number = input.nextDouble();
        if (number == 0) {
            break;
        }
        numbers.add(number);
    }
    return numbers;
}
public static void check(List<Double> numbers) {
    System.out.println(numbers);
    int pos=0;
    int neg=0;
    // ... other values
    for (int i = 0; i < numbers.size(); i++) {
        double number = numbers.get(i);
        if (number > 0 && number < 50000) {
            pos++;
            topos = topos + in;
        }
        // ... other checks
    }
    System.out.println(neg + pos + " numbers input");
    System.out.println("Total pos " + topos);
    System.out.println("Total neg " + toneg);
    System.out.println("Aver pos " + topos / pos);
    System.out.println("Ave neg " + toneg / neg);
    System.out.println("Ave all " + (topos + toneg) / (pos + neg));
    System.out.println("Largest number " + lar);
    System.out.println("Smallest number " + sma);
}