自2021年起，在“修改”复选框旁边有一个齿轮，允许您关闭检查。

此答案已过时。请参阅Interlated's answer以获取更新的答案。

IntelliJ IDEA 11.1.5的答案：
在“提交更改”对话框中有一些永久性的复选框。下次您提交更改列表时，请取消选中“执行代码分析”和“选中TODO”复选框。
如果您想立即完成：

• 对文件进行非侵入性的“测试更改”;例如，向任何文件添加测试注解
• 右键单击更改列表并选择“Commit Changes...”（提交更改）
• 在“提交更改”对话框中，取消选中“执行代码分析”和“检查待办事项”复选框
• 单击“提交”以保存设置。然后可以撤消测试注解并提交。

我找不到任何方法来禁用这些复选框默认为新项目。

下面是一个更简单的方法（虽然有点笨拙）。这涉及到对一个文件进行简单的编辑，根据你编辑的文件，默认情况下，现有项目的复选框是未选中的（A），或者所有新项目的复选框是禁用的（B）。
这已经在IntelliJ IDEA版本2016.3上进行了测试

（A）项目级变更

(This应该用于现有的项目，在这些项目中，您已经厌倦了在每次提交时禁用任何一个复选框。）
要使这两个复选框在默认情况下 * 对于特定项目 * 处于禁用状态，请在.idea/workspace.xml中，在名为VcsManagerConfiguration的组件下添加以下两个option：

<component name="VcsManagerConfiguration">
    <option name="CHECK_CODE_SMELLS_BEFORE_PROJECT_COMMIT" value="false" />
    <option name="CHECK_NEW_TODO" value="false" />

选项名称是不言自明的（前者用于禁用Perform Code Analysis，后者用于禁用Check TODO）。

请注意，效果是即时的。您不需要重新启动IntelliJ IDEA或重新开启项目

（B）IDE级别变更-将影响所有新项目

(This默认情况下应该这样做。对于任何新项目，复选框都将被禁用。）
如果你做了同样的改变，也就是把两个option添加到VcsManagerConfiguration，添加到文件project.default.xml（这个文件的位置在下一节中详细介绍主要操作系统），那么所有的新项目都会继承这个文件，你将永远摆脱这个烦恼，直到IntelliJ IDEA的更新改变了这些设置的存储方式：）

<component name="VcsManagerConfiguration">
    <option name="CHECK_CODE_SMELLS_BEFORE_PROJECT_COMMIT" value="false" />
    <option name="CHECK_NEW_TODO" value="false" />

project.default.xml的位置

（基于**Directories used by the IDE to store settings**。）（我只验证了OS X路径。其余路径基于上面的链接，未验证。）

Mac OS X操作系统：/Users/az/Library/Preferences/IntelliJIdea2016.3/options/project.default.xml
视窗：c:\Users\John\.IntelliJIdea2016.3\config\options\project.default.xml个
Linux操作系统：~/.IntelliJIdea2016.3/config/options/project.default.xml个

您可以通过以下路径访问PHPSorm中的设置
设置-〉版本控制-〉提交-〉提交前
如下图所示

在提交屏幕上的提交消息上方有一个齿轮，让你在提交之前选择要做什么。