我遇到了另一种解决这个问题的方法，所以我想分享它（这个答案更像是其他答案的替代方案）。
值得一提的是，这个解决方案通过在根模式下只运行某个Python脚本（在PyCharm IDE中）来“解决”这个问题，而不是整个PyCharm应用程序。

1）禁用运行Python需要密码：

这将通过编辑/etc/sudoers.d/python文件来实现。我们需要做的是在该文件中添加一个条目，如下所示：
user host = (root) NOPASSWD: full_path_to_python，例如：
guya ubuntu = (root) NOPASSWD /usr/bin/python
注：
user可通过以下命令检测：whoami
host可通过以下命令检测：hostname

2）创建一个“sudo脚本”：此脚本的目的是给予python以root用户身份运行的权限。

创建一个名为python-sudo.sh的脚本，并在其中添加以下内容：

!#/bin/bash

sudo /usr/bin/python "$@"

再次注意，路径是上一阶段Python的路径。
不要忘记使用以下命令为该脚本给予执行权限：chmod，即-
chmod +x python-sudo.sh

3）使用python-sudo.sh脚本作为PyCharm解释器：

在PyCharm中，转到：File --> Settings --> Project interpreter个
在右上方点击“设置”图标，然后点击“添加本地”。
在浏览器选项中，选择我们之前创建的python-sudo.sh脚本，这将给予PyCharm以root用户身份运行python脚本的权限。

4）调试测试：剩下要做的就是在PyCharm IDE中调试特定的Python脚本了。

希望它是有帮助的，并让我知道，如果有任何错误，在这种方法。

尝试：gksudo ./path/to/pycharm/executable
关于gksudo的更多信息
如果你使用的是ubuntu，并且没有gksudo，可以使用以下命令安装它：

apt-get install gksu

以下是启动器配置示例（位于：~/.local/share/applications/jetbrains-pycharm-ce.desktop）：

[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Name=PyCharm Community Edition
Icon=/home/YOUR_USER/pycharm/bin/pycharm.png
Exec=gksudo -k -u root "/home/YOUR_USER/pycharm/bin/pycharm.sh" %f
Comment=Develop with pleasure!
Categories=Development;IDE;
Terminal=false
StartupWMClass=jetbrains-pycharm-ce

• ce表示社区版，您的版本可能有所不同。

在这篇文章发表之前（2018年6月28日），我正在Ubuntu 18.04 Bionic Beaver上运行Pycharm-2018.1.4，我的解决方案是编辑sudoers.d文件，并在最后一行添加以下内容：
user host = (root) NOPASSWD: full_path_to_python个
例如：
guya surface-pro = (root) NOPASSWD /usr/bin/python3.6

我需要像OP一样以root用户身份从PyCharm运行一个脚本，但是公认的答案对我不起作用，因为1）我已经通过flatpak安装了PyCharm，2）gksu命令在Ubuntu和Mint的新版本上不可用。
我找不到一种方法来使事情工作与flatpak安装一致，所以我卸载了PyCharm flatpak，然后重新安装PyCharm的“正常”的方式。（Mint 19.2）。谢天谢地，pkexec是一个合适的替代品，并且已经在我的系统上可用。然后我更新了我的启动器文件（~/.local/share/applications/PyCharm.desktop），如下所示。最重要的一点是Exec行：

[Desktop Entry]
Name=PyCharm
Exec=pkexec env DISPLAY=$DISPLAY XAUTHORITY=$XAUTHORITY /opt/pycharm-community-2019.2.2/bin/pycharm.sh
Comment=PyCharm
Terminal=false
Icon=/opt/pycharm-community-2019.2.2/bin/pycharm.png
Type=Application

每次通过.desktop文件启动PyCharm时，pkexec命令都会弹出一个提示您输入密码的窗口。

这里有一个示例git repo，它是一个概念验证。应该像README.md中的说明一样简单。我的团队需要为我们的一个产品做这个，我们使用它作为工作流。
希望这对你有帮助！https://github.com/samayer12/sudome
这个答案建立在Ed Jones首先指出的描述here之上。

我有Pycharm社区2020。我编辑了

/var/lib/snapd/desktop/applications/pycharm-community_pycharm-community.desktop

带有nano的文件刚刚修改了桌面条目，如下所示：

[Desktop Entry]
X-SnapInstanceName=pycharm-community
Version=1.0
Type=Application
Name=root PyCharm Community Edition
Icon=/snap/pycharm-community/222/bin/pycharm.png
Exec=sudo env BAMF_DESKTOP_FILE_HINT=/var/lib/snapd/desktop/applications/pycharm-community_pycharm-community.desktop /snap/bin/pycharm-community %f
Comment=root Python IDE for Professional Developers
Categories=Development;IDE;
Terminal=false
StartupWMClass=jetbrains-pycharm-ce
StartupNotify=true

即：在EXEC项前面添加sudo命令，将“root”放在几个字段前面（见上文），并使用不同的名称保存：

/var/lib/snapd/desktop/applications/root_pycharm-community_pycharm-community.desktop

现在我在启动器中有两个图标，一个是标准的，另一个以“root”作为描述中的前导词，并以root身份运行。

**注意：**原始桌面启动程序（仍在）：

[Desktop Entry]
X-SnapInstanceName=pycharm-community
Version=1.0
Type=Application
Name=PyCharm Community Edition
Icon=/snap/pycharm-community/222/bin/pycharm.png
Exec=env BAMF_DESKTOP_FILE_HINT=/var/lib/snapd/desktop/applications/pycharm-community_pycharm-community.desktop /snap/bin/pycharm-community %f
Comment=Python IDE for Professional Developers
Categories=Development;IDE;
Terminal=false
StartupWMClass=jetbrains-pycharm-ce
StartupNotify=true