我最后是这样做的：在onCreate中：

savedInstanceState?.let {
        if (!ConfigChange) {
            val fragment: Fragment? =
                supportFragmentManager.findFragmentById(R.id.my_nav_host)
            fragment.let {
                if (it is NavHostFragment) {
                    it.navController.navigate(R.id.fragmentA)
                }
            }
        }
    }

此代码将在重新创建活动时重置导航图。

override fun onStart() {
    super.onStart()
    navController.setGraph(R.navigation.your_nav_graph)
}

遇到您的问题，正在寻找类似问题的答案。
在我的例子中，我有一个Activity应用，当权限状态改变时，它位于片段B中，并且在Activity重新启动后，它也会在片段B中重新打开。和您一样，我希望Activity从片段A开始，这也是导航图的起始位置或默认目标位置。
我解决这个问题的方法是，每当Activity由于REASON_PERMISSION_CHANGE而 exited 时，我都会进行检测，然后将Activity的onCreate()中的savedInstanceState设为无效。
下面是一些代码：

// MainActivity.kt
class MainActivity : AppCompatActivity() {

    override fun onCreate(savedInstanceState: Bundle?) {
        super.onCreate(
            when (requiresPermissionChangeRestart()) {
                true -> {
                    Log.e(TAG "Resetting Activity after permissions manual change")
                    null
                }
                false -> {
                    savedInstanceState
                }
            }
        )
    }
...
    private fun requiresPermissionChangeRestart(): Boolean = (getSystemService(Context.ACTIVITY_SERVICE)
            as ActivityManager).let { am ->
        am.getHistoricalProcessExitReasons(null, 0, 0)
            .find {
                it.reason == ApplicationExitInfo.REASON_PERMISSION_CHANGE
            }
            .run {
                when (this != null) {
                    true -> {
                        Log.w(TAG, "Permissions for package $packageName where changed by the user")
                        true
                    }
                    false -> false
                }
            }
    }

}

这可能是一种技巧，但这个小技巧可能会帮助您找到更适合您的特定问题的解决方案。只要您在重要的时候从给定Activity中删除savedInstanceState，您就应该能够以您期望的方式 * 重新启动 * Activity。