pycharm 导入rpy2时出现类似“cons memory exhausted”的错误

vqlkdk9b 于 2022-11-08 发布在 PyCharm

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我正在使用PyCharm，并尝试使用以下代码导入rpy2（版本3.3.5）：

import numpy as np
import pandas as pd
import rpy2.robjects.packages as packages

print("TEST")

出现以下错误：

R[write to console]: Error: cons memory exhausted (limit reached?)

R[write to console]: Error: no more error handlers available (recursive errors?); invoking 'abort' restart

Process finished with exit code -1073741784 (0xC0000028)

我使用的是Windows 10，有16GB的内存可用。

pycharm

来源：https://stackoverflow.com/questions/63708079/errors-like-cons-memory-exhausted-while-import-rpy2

2条答案

按热度按时间

jogvjijk1#

我遇到过同样的问题，经过广泛的研究和大量的试验和错误，我有两个解决方案：
1.如果您可以使用Jupyter笔记本电脑（即使在Pycharm中），则导入rpy2模块时不会发生cons memory exhausted错误。
1.如果你需要在Pycharm中使用Python控制台来运行代码导入rpy2模块，并且想避免这个错误，我有一个解决方法。我注意到这个错误可能是由于在同一个项目中为R设置了一个活动的renv环境而发生的。当R在同一个项目中与Python以及renv依赖管理一起设置时，在根文件夹中有一个.Rprofile文件，用于为新的R会话激活renv。（例如注解掉），则不会出现内存耗尽错误。导入rpy2模块后，可以再次激活renv，并且所有rpy2代码将正常执行。此外，rpy2可以被定向到renv环境来使用来自R项目依赖项的包。1.打开.Rprofile并注解掉所有代码2.使用Python的importlib导入必要的rpy2模块3.将R_LIBS_USER环境变量设置为renv库路径的路径4.删除.Rprofile文件中的注解。稍后我会将这段代码放在Github上。