scipy 管理科学、空间、距离和cdist输出

wlzqhblo  于 2022-11-10  发布在  其他
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大家早上好,如果我写错了,请告诉我。不过,我在python中使用前面提到的方法来获得pdb文件中两组残基的成对CA-CA距离,有时由于不确定性而有两个CA,这将改变输出:
[[X]]
至:
[[X X]]
其中X是浮点数,有时输出是[[]]和其他一些时候是[],如何能管理所有这些异常在一个聪明的方式?试图将这些转换为字符串和.strip的东西在这里和那里,没有真正的工作,目前我得到的错误如下:
if distmap[0][0]:
IndexError:索引0超出大小为0的轴0的界限
这应该是由于[]的情况下,我需要附加这些值到一个str(round(float(X),2))的列表。空白的情况下,我宁愿不被报告为0,但为istance一个疯狂的巨大数字,如100,或根本不报告。请让我知道,如果你需要更多的信息,如果我需要改变我的问题的形式

xe55xuns

xe55xuns1#

您可以尝试以下操作:

if distmap.size == 0:
    # Do something when distmap is empty

您也可以使用distmap.shape来识别其维度。

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