Python打开jp 2医学图像- Scipy，glymur

tjjdgumg 于 2022-11-10 发布在 Python

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我正在尝试读取和平铺一个jp2图像文件。图像是RGB 98176 x 80656像素（它是医学图像数据）。
当尝试用glymur读取图像时，我得到以下错误：

glymur.lib.openjp2.OpenJPEGLibraryError: OpenJPEG library error:  Prevent buffer overflow (x1: 80656, y1: 98176)

我明白图像太大了。我需要的是按瓦片读取图像数据，并将其保存在其他地方，以另一种格式保存。
Glymur允许我使用python读取头文件，例如，代码流是：

>>> print(codestream.segment[1])
SIZ marker segment @ (87, 47)
    Profile:  no profile
    Reference Grid Height, Width:  (98176 x 80656)
    Vertical, Horizontal Reference Grid Offset:  (0 x 0)
    Reference Tile Height, Width:  (832 x 1136)
    Vertical, Horizontal Reference Tile Offset:  (0 x 0)
    Bitdepth:  (8, 8, 8)
    Signed:  (False, False, False)
    Vertical, Horizontal Subsampling:  ((1, 1), (1, 1), (1, 1))

平铺不起作用，读取方法不起作用。

编辑：

我也尝试了Scipy，它能够读取标题，但同样的事情，出现的错误是：

>>> import scipy.misc
>>> image=scipy.misc.imread('Sl0.jp2')
/home/user/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/PIL/Image.py:2274: DecompressionBombWarning: Image size (7717166080 pixels) exceeds limit of 89478485 pixels, could be decompression bomb DOS attack.
  DecompressionBombWarning)
>>> scipy.misc.imwrite('/home/user/Documents/imageCfromjp2.tif',image)
/home/user/
AttributeError: 'module' object has no attribute 'imwrite'
>>> scipy.misc.imsave('/home/user/Documents/imageCfromjp2.tif',image)
/home/user/
  File "/home/user/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/scipy/misc/pilutil.py", line 195, in imsave
    im = toimage(arr, channel_axis=2)
  File "/home/user/anaconda2/lib/python2.7/site-packages/scipy/misc/pilutil.py", line 287, in toimage
    raise ValueError("'arr' does not have a suitable array shape for "
ValueError: 'arr' does not have a suitable array shape for any mode.
>>> image2=image[0:500,0:500]
/home/user/
IndexError: too many indices for array
>>> image2=image[0:500]
/home/user/
ValueError: cannot slice a 0-d array

有没有什么方法可以将图像数据流传输到不同类型的容器中，这样索引的数量就不是问题，并且使我能够处理它？

scipy

来源：https://stackoverflow.com/questions/43489810/python-open-jp2-medical-images-scipy-glymur

4条答案

按热度按时间

nmpmafwu1#

我在使用幻灯片扫描仪的文件时也遇到了同样的问题。我发现有用的是使用vips和openslide平铺图像，并使用以下命令：

vips dzsave image.mrxs targetdirectoryname --depth one --tile-size 2048 --overlap 0

这会将源图像的0级（全分辨率）拼贴输出到目标目录，拼贴大小为您选择的值，像素重叠为0。

赞(0）回复(0）举报 2022-11-10

5cnsuln72#

阅读大型医学图像的标准格式是openslide，我会先尝试一下，我不确定它是否能直接读取jp2，但假设这是来自幻灯片扫描仪，也许你可以保存为openslide支持的格式之一？
ImageMagick将通过OpenJPEG加载大的jp2图像的部分，虽然它不是特别快。例如，我这里有一个10k x 10k的jp2图像，如果我转换为JPG，我会看到：

$ time convert sekscir25.jp2 x.jpg
real    0m25.378s
user    0m24.832s
sys 0m0.544s

如果我试着裁剪出一小块，它几乎没有任何更快的，这表明IM总是解码整个图像：

$ time convert sekscir25.jp2 -crop 100x100+0+0 x.png
real    0m19.887s
user    0m19.380s
sys 0m0.504s

但如果我在装载过程中进行裁剪，速度会加快：

$ time convert sekscir25.jp2[100x100+0+0] x.png
real    0m7.026s
user    0m6.748s
sys 0m0.276s

不是很好，但如果你有耐心的话可能会有用。

赞(0）回复(0）举报 2022-11-10

kd3sttzy3#

您是用openslide来尝试

import openslide
from openslide.deepzoom import DeepZoomGenerator
osr=openslide.OpenSlide('JP2.svs')
im=osr.get_thumbnail((200,200))
im.save('test.jpg')

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aurhwmvo4#

您可以使用python中的glymur模块轻松访问全分辨率图像的每个图块。

赞(0）回复(0）举报 2022-11-10