我有成百上千个.h5文件,它们的文件名中包含日期(例如...20221017...)。对于每个文件,我都将一些参数提取到格式为Numy的数组中
[[param_1a, param_2a...param_5a],
...
[param_1x, param_2x,...param_5x]]
它表示感兴趣的数据。我想按月对数据进行分组,因此我有一个数组来表示30个数组的平均值,而不是(例如)一个月有30个数组。我怎么能这样做呢?
这就是我到目前为止所拥有的代码,FileName表示文件名的txt文件。
def combine_months(filename):
fin = open(filename, 'r')
next_name = fin.readline()
while (next_name != ""):
year = next_name[6:10]
month = next_name[11:13]
date = month+'\\'+year
#not sure where to go from here
fin.close()
我希望实现的一个例子是,例如,数组_1、数组_2、数组_3是数字数组,表示来自不同h5文件的数据,它们的文件名的日期是相同的月份。
array_1 = [[ 1 4 10]
[ 2 5 11]
[3 6 12]]
array_2 = [[ 1 2 5]
[ 2 2 3]
[ 3 6 12]]
array_3 = [[ 2 4 10]
[ 3 2 3]
[ 4 6 12]]
我希望结果看起来像这样:
2022_04_data = [[1,3,7.5]
[2, 2, 6.5]
[3,4,7.5]
[4,6,12]]
请注意,每行的第一个数字代表一个ID,因此我还需要根据第一个数字将这些数据分组在一起。
2条答案
按热度按时间dauxcl2d1#
好的,这是一个答案的开始。(我怀疑您在研究细节时可能会有更多问题。)
有几种方法可以获取文件名。您可以将它们放在一个文件中,但使用
glob.iglob()
函数更容易(也更好)。下面有两个示例,说明如何:1)打开每个文件,2)将数据从data
数据集中读入数组,以及3)将数组追加到列表中。第一个示例将文件名显示在列表中。第二个使用glob.iglob()
函数来获取文件名。(您还可以使用glob.glob()
创建姓名列表。)方法一:从列表中读取文件名
方法二:使用lob.iglob()获取通配符文件
将数据集读入数组后,迭代列表、进行计算并根据结果创建新数组。下面的代码显示了如何获取
shape
和dtype
。下面的代码显示了对具有匹配的第0列值的行进行求和的方法。在没有更多细节的情况下,很难确切地展示如何做到这一点。它将所有第0列的值读取到排序列表中,然后用来调整count和sum数组的大小,然后将其作为适当行的索引。
以下是从集合创建
row_value_list
的另一种方法。它更简单,因为集合不保留重复值,因此在将它们添加到row_value_set
时不必检查现有值。6jygbczu2#
这是一个新的、更新的答案,解决了关于计算中位数的评论/请求。(它还可以计算平均值,并且可以很容易地扩展以计算掩码数组中的其他统计信息。)
正如我在2022年11月4日的评论中所指出的,“从我的第一个答案开始,很快就变得复杂和难以理解”。这个过程与第一个答案相似,但又不同。它使用
glob
来获取文件名列表(而不是iglob
)。它不是将H5数据集加载到数组列表中,而是将所有数据加载到单个数组中(数据在0轴上“堆叠”)。我不认为这会增加内存占用。但是,如果要加载大量非常大的数据集进行分析,则内存可能会成为一个问题。程序摘要:
1.使用
glob.glob()
根据通配符将文件名加载到列表1.根据文件数和1个数据集的大小分配一个数组来存放所有数据(
arr_all
)。1.循环所有H5文件,将数据加载到
arr_all
1.创建唯一组ID的排序列表(第0列值)
1.根据
arr_all
中唯一的行ID数和列数,分配数组以保存平均值/中位数(arr_mean
和arr_median
)。1.循环ID列表中的值,然后:
A.创建掩码数组(
mask
),其中第0列的值=循环值B.广播
mask
以匹配arr_all
形状,然后应用以创建ma_arr_all
C.循环遍历
ma_arr_all
列,压缩以获得未掩码的值,然后计算平均值和中位数并保存。代码如下: