您的shell中是否定义了$XDG_CONFIG_HOME环境变量？如果是，Neovim将在$XDG_CONFIG_HOME/nvim中查找init.vim（或init.lua），而不是~/.config/nvim。
以下是:h init.vim中的相关帮助文本：

The Nvim config file is "init.vim", located at:
        Unix        ~/.config/nvim/init.vim
        Windows     ~/AppData/Local/nvim/init.vim
    or if |$XDG_CONFIG_HOME| is defined:
                $XDG_CONFIG_HOME/nvim/init.vim

在我的Mac电脑上，这是因为~/.config文件夹的访问权限。在Finder中查看文件夹时，文件夹上有一个红色的减号。我试图打开它，并收到以下消息：
无法打开文件夹“.config”，因为您没有查看其内容的权限。
我认为这就是问题所在，因为当我使用sudo nvim运行Neovim时，init.vim文件中的所有自定义都被应用了。
我通过在命令行（source）中运行以下命令删除了对~/.config文件夹的限制：

sudo chown [user] ~[user]/.config

然后再

chmod 711 ~[user]/.config

将[user]更改为您的主目录的名称。