matplotlib 绘制2D热图

bbuxkriu  于 2022-11-15  发布在  其他
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使用Matplotlib,我想绘制一个二维热图。我的数据是一个n × n的Numpy数组,每个数组的值都在0和1之间。因此,对于这个数组的(i,j)元素,我想在热图的(i,j)坐标处绘制一个正方形,其颜色与数组中元素的值成比例。
我该怎么做?

wgx48brx

wgx48brx1#

带有参数interpolation='nearest'cmap='hot'imshow()函数应该可以执行您想要的操作。
请查看interpolation参数详细信息,并参阅Interpolations for imshowImage antialiasing

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

a = np.random.random((16, 16))
plt.imshow(a, cmap='hot', interpolation='nearest')
plt.show()

snvhrwxg

snvhrwxg2#

Seaborn是matplotlib的一个高级API,它负责大量的手动工作。
seaborn.heatmap自动在图表的一侧绘制梯度等。

import numpy as np
import seaborn as sns
import matplotlib.pylab as plt

uniform_data = np.random.rand(10, 12)
ax = sns.heatmap(uniform_data, linewidth=0.5)
plt.show()

您甚至可以绘制方阵的上/下左/右三角形。例如,相关矩阵是正方形且对称的,因此绘制所有值将是多余的。

corr = np.corrcoef(np.random.randn(10, 200))
mask = np.zeros_like(corr)
mask[np.triu_indices_from(mask)] = True
with sns.axes_style("white"):
    ax = sns.heatmap(corr, mask=mask, vmax=.3, square=True,  cmap="YlGnBu")
    plt.show()

p3rjfoxz

p3rjfoxz3#

我将使用matplotlib的pcolor/pcolormesh函数,因为它允许数据的非均匀间距。
示例取自matplotlib

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

# generate 2 2d grids for the x & y bounds
y, x = np.meshgrid(np.linspace(-3, 3, 100), np.linspace(-3, 3, 100))

z = (1 - x / 2. + x ** 5 + y ** 3) * np.exp(-x ** 2 - y ** 2)
# x and y are bounds, so z should be the value *inside* those bounds.
# Therefore, remove the last value from the z array.
z = z[:-1, :-1]
z_min, z_max = -np.abs(z).max(), np.abs(z).max()

fig, ax = plt.subplots()

c = ax.pcolormesh(x, y, z, cmap='RdBu', vmin=z_min, vmax=z_max)
ax.set_title('pcolormesh')
# set the limits of the plot to the limits of the data
ax.axis([x.min(), x.max(), y.min(), y.max()])
fig.colorbar(c, ax=ax)

plt.show()

swvgeqrz

swvgeqrz4#

对于一个2D的numpy数组,简单地使用imshow()可能会帮助你:

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

def heatmap2d(arr: np.ndarray):
    plt.imshow(arr, cmap='viridis')
    plt.colorbar()
    plt.show()

test_array = np.arange(100 * 100).reshape(100, 100)
heatmap2d(test_array)

此代码生成一个连续的热图。
您可以从here中选择另一个内置colormap

dldeef67

dldeef675#

下面是如何从csv中执行此操作:

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.interpolate import griddata

# Load data from CSV
dat = np.genfromtxt('dat.xyz', delimiter=' ',skip_header=0)
X_dat = dat[:,0]
Y_dat = dat[:,1]
Z_dat = dat[:,2]

# Convert from pandas dataframes to numpy arrays
X, Y, Z, = np.array([]), np.array([]), np.array([])
for i in range(len(X_dat)):
        X = np.append(X, X_dat[i])
        Y = np.append(Y, Y_dat[i])
        Z = np.append(Z, Z_dat[i])

# create x-y points to be used in heatmap
xi = np.linspace(X.min(), X.max(), 1000)
yi = np.linspace(Y.min(), Y.max(), 1000)

# Interpolate for plotting
zi = griddata((X, Y), Z, (xi[None,:], yi[:,None]), method='cubic')

# I control the range of my colorbar by removing data 
# outside of my range of interest
zmin = 3
zmax = 12
zi[(zi<zmin) | (zi>zmax)] = None

# Create the contour plot
CS = plt.contourf(xi, yi, zi, 15, cmap=plt.cm.rainbow,
                  vmax=zmax, vmin=zmin)
plt.colorbar()  
plt.show()

其中dat.xyz的形式为

x1 y1 z1
x2 y2 z2
...
z9gpfhce

z9gpfhce6#

使用matshow()(它是imshow的 Package 函数)设置有用的默认值以显示矩阵。

a = np.diag(range(15))
plt.matshow(a)

https://matplotlib.org/stable/api/_as_gen/matplotlib.axes.Axes.matshow.html
这只是一个方便的函数,它 Package imshow来设置有用的默认值,以显示一个矩阵。

  • 设置origin='upper'
  • 设置interpolation='nearest'
  • 设置aspect='equal'
  • 记号放置在左上方。
  • 刻度的格式设置为显示整数索引。

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