您的代码看起来没有问题，可能是调试器误解了。
这段代码很好地显示了24个元素（我更改了维度，使矩阵更小）

int size[3] = { 2, 3, 4};
cv::Mat mat3D(3, size, CV_8UC1, cv::Scalar(0));
std::cout << "Total size " << mat3D.size << std::endl;
int counter = 0;
for(cv::MatConstIterator_<uchar> it = mat3D.begin<uchar>(); it != mat3D.end<uchar>(); ++it){
    std::cout << " " << (int) *it;
    counter ++;
}
std::cout << std::endl;
std::cout << counter << " elts" << std::endl;

您的代码正确。
关于调试器的输出，当处理多维cv：：Mat时，这是预期的行为。cv:Mat::rows的OpenCV文档如下：* “行数和列数，或当矩阵具有2个以上维度时为（-1，-1）”*。实际上，调试器显示通道x行x列（1 x -1 x -1）的值。
您可以尝试使用以下方法枚举一些与cv::Mat相关的属性：

std::cout
        << "dims       : " << mat3D.rows
        << "\nchannels() : " << mat3D.channels()
        << "\nrows       : " << mat3D.rows
        << "\ncols       : " << mat3D.cols
        << "\nsize()     : " << mat3D.size()
        << "\nsize       : " << mat3D.size;

您的输出应为：

dims       : 3
channels() : 1
rows       : -1
cols       : -1
size()     : [-1 x -1]
size       : 1000 x 100 x 100

您可以尝试以下操作：

int DImensions3D[] = { 100,100 ,100 };
cv::Mat RTstruct3D(3,DImensions3D, CV_8U, Scalar(0));