我尝试使用R的system()函数从R脚本调用shell脚本。
我正在执行以下操作：
在我的R脚本中，我调用system()函数：system(exe, intern = TRUE,wait = TRUE)，exe包含shell脚本调用脚本所需的参数，以从R脚本目录到shell脚本目录的文件路径开头。
这将返回sh: 1: 'file-path-to-shell-script': not found
当我复制粘贴exe中包含的内容，并直接在命令行中运行它时，从R脚本的文件位置开始，它工作得很完美。
有人能帮我吗？
1条答案
按热度按时间thtygnil1#
我假设您使用的是shell脚本的 * 相对 * 路径。在脚本中执行
getwd()以确保您的工作目录与脚本所在的目录相对应。如果您的当前工作目录与脚本的位置不对应，您有几个选择：1.使用
setwd()将工作目录设置为正确的位置，以便shell脚本的相对路径正确。1.使用
getwd()提供的信息来更正相对路径1.使用shell脚本的绝对路径作为
system()的参数示例：
/home/bis/scripts中，getwd()返回/home/bis/R/workspace。/home/bis中system('../scripts/my-script.sh')，则会失败。system('../../scripts/my-script.sh')，则会成功。希望这对你有帮助！