不要试图一次匹配所有内容。单独匹配每个链接，然后遍历结果。使用preg_match_all，或者如果你想对每个匹配进行替换，使用preg_replace_callback。

a\[(\w+)\]

应该能达到你的目的。
不清楚[\s+]?的目标是什么，是否允许使用空格或+。也不清楚链接后的可选逗号和空格。保持简单是最好的方法。
https://3v4l.org/2AvT1

在php中，你可以使用\G锚，然后使用2个捕获组来了解开头的行和其他链接之间的区别。

\Ga\h*\[([^][]*)],?\h*|\[([^][]*)]

说明

• \G在字符串的开头或上一个匹配的结尾Assert当前位置
• a\h*匹配a和可选的水平空白字符
• \[([^][]*)]匹配[...]并在第1组中记录方括号之间的内容
• ,?\h*匹配可选逗号和水平空格字符
• |或
• \[([^][]*)]匹配[...]并在第2组中记录方括号之间的内容

请参见regex demo。

使用preg_replace_callback()在一个整合的过程中捕获和替换所需的字符串。
在第一个撷取群组中使用包含右方大括号的Lookbehind，以区分连续序列的第一个相符项目与相同连续序列的后续成员。
第一个捕获组（$m[1]）将为null或空字符串
第二个捕获组（$m[2]）将是连续链接之间的粘附字符。
第三个撷取群组（$m[3]）将是链接的目的文字。
每次遇到组中第一个链接（空lookbehind）时，递增样式计数器。
代码：（Demo）

$styleCounter = 0;
echo preg_replace_callback(
         '/((?<=]))?+(,? ?)a\[([^][]*)]/',
         function ($m) use(&$styleCounter) {
             if ($m[1] === null) {
                 ++$styleCounter;
             }
             return "{$m[2]}<a href=\"{$m[3]}\" class=\"style{$styleCounter}\">{$m[3]}</a>";
         },
         $string,
         -1,
         $count,
         PREG_UNMATCHED_AS_NULL
     );

图案：

/            #starting delimiter
((?<=]))?+   #greedily, optionally match the zero-width position where the previous character was a literal "]" as capture group 1 
(,? ?)       #match an optional comma followed by an optional space as capture group 2
a\[          #match a literal "a" then "[" 
([^][]*)     #match zero or more non-square-brace characters as capture group 3
]            #match a literal "]"
/            #ending pattern delimiter