我在IntelliJ IDEA 15中遇到了同样的问题。
我通过右键单击数据源-〉Properties -〉Schemas -〉Use legacy introspector修复了这个问题。

我找到了HSQLDB问题的原因：有IDEA bug（我有11.0版本）。
使用相对路径（相对于MODULE）创建数据库，如下所示：

jdbc:hsqldb:file:db_file/testDBInMemory;shutdown=true;hsqldb.write_delay=‌​false;
f:\TestModule\db_file\

将其添加到数据源时，IDEA将此路径识别为$IDEA_HOME$/bin文件夹的相对路径。

f:\Program Files\JetBrains\IntelliJ IDEA 11.0\bin\db_file\

因此，您有两个不同的数据库。当JPA首先更新时，数据源在其他数据库中看不到更新。

解决方法：在文件db url中使用绝对路径。

我的答案被埋在一条评论里，所以我把它贴在这里。我的症状是看到这样一个错误：无法解析表'thetablename'，表名以红色突出显示。
以下修复程序是触发IntelliJ刷新数据源的所有方法：

• CTRL+ALT+Y刷新数据库内容，或
• CTRL+F5组合键，或
• 单击右侧的数据库垂直选项卡，展开，右键单击每个数据库连接并选择“刷新”

感谢@ice之前在评论中回答了这个问题。我基本上只是在详细说明，并确保这是一个答案。

对于仍在体验这一点的后来者，Intellij IDEA还具有以下功能，这些功能可能会帮助你，因为他们有我：

• “强制刷新”（Ctrl + Shift + F5）：“”强制刷新“操作将从缓存中清除数据源信息，然后重新加载.”
• “忽略缓存的架构”将清除架构缓存。不要求您设置要再次显示的架构。

右键单击数据源-〉诊断-〉“强制刷新”或“忽略缓存的模式”
来源：https://www.jetbrains.com/help/idea/cannot-find-a-database-object-in-the-database-tree-view.html