简单的解决方案是将这两个. exe文件安装在它们需要运行的.dll文件夹中。如果需要，可以将第二个.exe文件的快捷方式放在子文件夹中。

希望这仍然是相关的。这是我是如何做到的。假设所有的依赖关系都被复制到您的项目的输出目录：
1.右键单击添加〉装配...
1.转到项目输出目录并选择所需的dll
1.删除重复项（如果有）

很容易：
对于每个需要引用某些程序集并在2个不同位置使用其中每个程序集的安装项目，请创建2个MergeModuleProjects。第一个包含与其中一个程序集位置有关的文件系统，另一个包含与另一个程序集位置有关的文件系统。这样，您最初拥有的安装项目将仅引用这2个MergeModuleProjects。setup project vs merge module projct
示例：Setup1具有以下文件系统：

folder1
{
  folder2
  {
    assembly1
  }
  folder3
  {
    asembly3
  }
}

然后用下面的结构替换上面的结构：
Setup1具有以下文件系统：（无）设置1引用合并模块1和合并模块2合并模块1具有以下文件系统：

folder1
{
  folder2
  {
     assembly1
  }
}

MergeModule2具有以下文件系统：

folder1
{
   folder3
   {
     assembly1
   }
}