date_create_from_format()在失败时返回false，或在成功时返回新的DateTime示例。
您的命令失败，因为分钟是两位数，而不是一位数。
找不到两位数分钟
因此，只需使用29_11_2016_5_00_15作为时间字符串，如下所示

// Try to create the datetime instance
if ($date = date_create_from_format('d_m_Y_H_i_s', '29_11_2016_5_00_15')) {
    echo date_format($date, 'Y-m-d');
} else {
    // It failed! Errors found, let's figure out what!
    echo "<pre>";
    print_r(date_get_last_errors());
    echo "</pre>";
}

上面代码片段的输出将是2016-11-29，live demo：https://3v4l.org/6om9g
使用date_get_last_errors()，您将能够获得DateTime示例中给出的错误。

您必须使用minutes与两个字符，在您的代码中只有一个，其中应该与前导0。
所以只需在前面补0即可。

<?php
$string = '29_11_2016_5_0_15';
$array = explode('_', $string);
$array[4] = str_pad($array[4], 2, 0, STR_PAD_LEFT);
$string = implode('_', $array);
$date = date_create_from_format('d_m_Y_H_i_s', $string);
echo date_format($date, 'Y-m-d');

I format date:
echo date("d/m/Y  H:i:s a", strtotime($row['timestamp']));