您可以修正标题高度，也可以修正导航栏项目的高度。此外，您也有一个问题，即悬停时元素移动。您也可以修正这个问题，始终为元素添加透明颜色的边框，这样元素的整体高度在悬停状态下不会改变。
下面是修复的CSS

header {
  background-color: lightblue;
  position: sticky;
  display: flex;
  height: 60px;
  align-items: center;
  justify-content: space-around;
}

header nav {
  min-width: 50%;
}

header nav ul {
  margin: 0;
  height: 100%;
  list-style: none;
  padding-left: 0;
  display: flex;
  align-items: center;
  justify-content: space-between;
  height: 60px;
}

header li {
  display: flex;
  align-items: center;
  border-bottom: 2px solid transparent;
  height: 60px;
}

header li:hover {
  border-bottom: 2px solid red;
}

https://codepen.io/swarajgk/pen/JjZewPo?editors=1100

我认为只要给所有列表元素的高度和标题一样就可以了。
就像这样：
第一个

希望这能解决问题

header {
  background-color: lightblue;
  padding-top: 1rem;
  height: 3rem;
  position: sticky;
  top: 0;
  display: flex;
  align-items: center;
  justify-content: space-around;
}

header nav {
  min-width: 50%;
  height : 100%;
}

header nav ul {
  margin: 0;
  height: 100%;
  list-style: none;
  padding-left: 0;
  display: flex;
  align-items: center;
  justify-content: space-between;
}

header li{
  height: inherit;
}

header li:hover {
  border-bottom: 2px solid red;
}

我建议使用以下方法，并在CSS中添加解释性注解：
第一个
JS Fiddle demo。
参考文献：

• 是的。
• display中的一个。
• justify-content。
• place-items。

参考书目：

• “Aligning items in a flex container”，MDN。
• “Basic concepts of flexbox”，MDN。
• “Box alignment in grid layout”，MDN。