聚类HNSC TCGA数据时出现iClusterPlus错误

von4xj4u  于 2022-12-06  发布在  其他
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我正在使用iClusterPlus包对HNSC TCGA数据集进行聚类
我有两个错误
第一个

**fit.single=iClusterPlus(dt1=df_m_tong1,dt2=df_c_tong1,dt3=df_e_tong1,
                        type=c("binomial","gaussian","gaussian"),
                        lambda=c(0.04,0.61,0.90),K=2,maxiter=10)**

数据类型(dt1,类型[1],K)中出错:错误:二项式数据的某些列由不等于2的类别组成,必须将其删除。
但是我有二项式突变数据
第二、

**for(k in 1:5){
  cv3.fit = tune.iClusterPlus(cpus=5,dt1=df_m_tong1,dt2=df_c_tong1,dt3=df_e_tong1,
                             type=c("binomial","gaussian","gaussian"),K=k,n.lambda=185, 
                             scale.lambda=c(0.05,1,1),maxiter=20)
  save(cv3.fit, file=paste("cv3.fit.k",k,".Rdata",sep=""))
  }**

185个lambda点用于调整参数。开始并行计算结束并行计算185个lambda点用于调整参数。开始并行计算结束并行计算185个lambda点用于调整参数。开始并行计算结束并行计算185个lambda点用于调整参数。开始并行计算结束并行计算185个lambda点用于调整参数。开始并行计算结束并行计算警告消息:1:在mclapply(1:nrow(ud))中,FUN =函数(x)iClusterPlus(dt1,dt2,:185个函数调用导致错误2:在mclapply(1:nrow(ud)中,函数FUN =函数(x)iClusterPlus(dt1,dt2,:185个函数调用导致错误3:在mclapply(1:nrow(ud)中,函数FUN =函数(x)iClusterPlus(dt1,dt2,:185个函数调用导致错误4:在mclapply(1:nrow(ud)中,函数FUN =函数(x)iClusterPlus(dt1,dt2,:185个函数调用导致错误5:在mclapply(1:nrow(ud)中,函数FUN =函数(x)iClusterPlus(dt1,dt2,:185个函数调用导致错误
在那之后,我再也无法继续下去了
先谢了

rvpgvaaj

rvpgvaaj1#

对于第一个错误,我认为您应该对所有dt使用'binomial'类型:type=c(“binomial”,“binomial”,“binomial”)对于第二个问题-你安装并行了吗?也许这是一个问题。

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