我不知道这是否可行，但像这样的东西怎么样？

var replace = require('gulp-replace');

gulp.task('templates', function(){
  gulp.src(['file.txt'])
    .pipe(replace(/#include[^\n]*/g, ''))
    .pipe(gulp.dest('build/file.txt'));
});

是的，gulp-replace是一个很好的用例，正如Ipg的回答所证明的那样。
但这里有一种使用through2的“低级”方法：

var gulp = require("gulp");
var through = require("through2");

gulp.task("templates", function() {
  return gulp
    .src("src/file.txt")
    .pipe(through.obj(function(file, enc, done) {
      var replaced = file.contents.toString().replace(/#include[^\n]*/g, "");
      file.contents = new Buffer(replaced);
      done(null, file);
    }))
    .pipe(gulp.dest("build"));
});